ASPC : Programme de surveillance des eaux usées pour la COVID-19

Le virus à l’origine de l’infection par la COVID-19 (SRAS-CoV-2) peut être détecté dans les selles des personnes infectées pendant une partie importante de leur maladie. Cela permet détecter et surveiller les eaux usées (eaux d’égout) pour la présence de la COVID-19 dans les communautés et les établissements institutionnels (p. ex. les établissements de soins de longue durée) sans qu’il soit nécessaire de procéder à des tests individuels. La surveillance des eaux usées peut également être utilisée pour surveiller la circulation des variants préoccupants et, dans certaines circonstances, peut servir comme indicateur précoce de la présence de la COVID-19.

L’Agence de la santé publique du Canada (ASPC) travaille en collaboration avec d’autres ministères fédéraux, des gouvernements provinciaux, territoriaux et municipaux et des universités partout au Canada pour établir un réseau pancanadien de surveillance des eaux usées capable de surveiller la propagation de la COVID-19 au Canada (voir les documents Carte et Chemin critique). Les eaux usées ont déjà été utilisées pour démontrer la détection précoce de la COVID-19 dans certaines juridictions canadiennes avant une augmentation des cas diagnostiqués cliniquement. Comme la COVID-19 peut être caractérisée par une infection symptomatique et asymptomatique, il est important de définir la présence de cas non diagnostiqués pour reduire le risque d’éclosions. Même une alerte de quelques jours d’avance peut être déterminante pour le succès des interventions de santé publique et peuvent être une source d’information importante pour les mesures de santé publique.

Outre la COVID-19, la surveillance des eaux usées peut être utilisée pour surveiller d’autres menaces pour la santé publique, notamment la présence d’une résistance aux antimicrobiens, d’autres maladies transmissibles (par exemple, la tuberculose) et des marqueurs chimiques indiquant la santé d’une communauté (par exemple, l’utilisation d’opioïdes).

Lien vers les documents

Carte du réseau pancanadien des eaux usées

Webinaires actuels et passés

• L’ASPC a organisé un webinaire intitulé De la signalization du SRAS-CoV-2 dans les eaux usées à l’action en santé publique le 1er avril 2020. Les présentations portaient sur les méthodes de laboratoire, les résultats de l’enquête d’interprétation de la santé publique et deux études de cas (Ottawa et Territoires du Nord-Ouest).
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Publications et rapports

  • Barker at al. (2021) – MMMVI: Detecting SARS-CoV-2 Variants of Concern in Metagenomic Samples
  • Chik et al. (2021) – Comparison of approaches to quantify SARS-CoV-2 in wastewater using RT-qPCR: Results and implications from a collaborative inter-laboratory study in Canada
  • Daigle et al. (2021) – A sensitive and rapid wastewater test for SARS-COV-2 and its use for the early detection of a cluster of cases in a remote community
  • Landgraff et al. (2021) – Metagenomic sequencing of municipal wastewater provides a near-complete SARS-CoV-2 genome sequence identified as the B.1.1.7 variant of concern from a Canadian municipality concurrent with an outbreak
  • Nourbakhsh et al. (2021) – A Wastewater-Based Epidemic Model for SARS-CoV-2 with Application to Three Canadian Cities
  • Peterson et al. (2021) – RT-qPCR detection of SARS-CoV-2 mutations S 69-70 del, S N501Y and N D3L associated with variants of concern in Canadian wastewater samples

Document d’orientation pour la surveillance des eaux usées

En développement.

Groupes de travail et réunions sur les eaux usées de l’Agence de la santé publique du Canada

L’Agence de la santé publique du Canada dirige des groupes de travail et des réunions liés à la surveillance des eaux usées pour la COVID-19 afin de discuter des méthodes d’échantillonnage et de laboratoire, des modèles de données et de la modélisation, ainsi que des mesures et des réponses en matière de santé publique. Il existe actuellement quatre groupes de travail et les réunions ont lieu toutes les semaines ou toutes les deux semaines :

Variants préoccupants du SRAS-CoV-2 dans les eaux usées

Ce groupe de travail réunit des chercheurs, des partenaires universitaires et gouvernementaux de tout le Canada travaillant sur la surveillance des eaux usées pour discuter de la détection des variants préoccupants/d’intérêt dans les eaux usées et de l’interprétation des résultats. La réunion met en évidence les principales questions liées à la détection et au séquençage des variants préoccupants/visés. Tous les laboratoires ou programmes de surveillance du pays fournissent une mise à jour et font part de leurs expériences.

Groupe de travail sur la détection du SRAS-CoV-2 par les laboratoires d’analyse des eaux usées

Ce groupe de travail réunit des laboratoires de tout le Canada qui effectuent des analyses et une surveillance des eaux usées relatives au SRAS-CoV-2 afin de discuter des méthodes (p. ex., PCR, AQ/CQ), des problèmes d’échantillonnage, de l’interprétation des données, de la communication des résultats et de tout autre sujet lié aux méthodes de détection en laboratoire.

Mise à jour sur la surveillance du SRAS-CoV-2 dans les eaux usées

Ce groupe de travail réunit des partenaires de la surveillance des eaux usées dans tout le pays afin de créer un forum permettant de faire passer la surveillance des eaux usées à l’action en matière de santé publique. Ce groupe de travail établit des liens entre les groupes d’échantillonnage de l’environnement, les laboratoires, les universités et la santé publique pour discuter des stratégies d’échantillonnage, de l’interprétation des données et des rapports et actions de santé publique.

Groupe de travail sur la modélisation des données et l’interprétation épidémiologique

Ce groupe de travail réunit des modélisateurs et des épidémiologistes de tous les échelons du gouvernement et du monde universitaire pour discuter de la modélisation, des méthodes de modélisation et de l’interprétation des résultats de la surveillance des eaux usées et de leur lien avec la surveillance clinique.

Pour assister à l’une de ces réunions, veuillez communiquer avec : nmlwastewater@canada.ca