27 avril 2025
La surveillance des eaux usées peut permettre de détecter la présence d’agents pathogènes et d’en mesurer la concentration, de mettre en évidence des marqueurs biologiques ou chimiques révélateurs de l’état de santé d’une collectivité, et de dégager des tendances en matière de consommation de médicaments et de drogues au sein d’une population au fil du temps.
Les agents pathogènes, y compris les virus tels que le SARS-CoV-2, les virus de la grippe, le virus respiratoire syncytial (VRS) et le virus mpox, sont excrétés dans les selles et l’urine des personnes infectées pendant une grande partie de la durée de la maladie. Même les personnes asymptomatiques sont susceptibles d’excréter des agents pathogènes dans le réseau d’assainissement. Dès lors, l’analyse et la surveillance des eaux usées offrent un moyen de détecter la présence de maladies infectieuses au sein des collectivités et des structures institutionnelles (par exemple, les établissements de soins de longue durée), sans avoir à passer par la collecte et l’analyse d’échantillons individuels. La surveillance des eaux usées peut également permettre de contrôler la circulation des variants préoccupants et, dans certains cas, servir d’indicateur précoce de la présence d’une maladie qui n’a pas encore été détectée par les systèmes de surveillance clinique traditionnels et éclairer la prise de décision en matière de santé publique.
L’Agence de la santé publique du Canada (ASPC) travaille en collaboration avec d’autres ministères fédéraux, avec les provinces et les territoires, ainsi qu’avec les municipalités et le milieu universitaire, au maintien d’un réseau national de surveillance des eaux usées capable de fournir des informations sur la propagation des maladies infectieuses au Canada.
La surveillance des eaux usées est une science en pleine évolution. Les scientifiques travaillent en continu à l’amélioration des méthodes de détection et de quantification des maladies infectieuses dans les eaux usées.
Voici quelques-unes des priorités du programme de recherche en santé publique de l’ASPC :
- mieux comprendre la manière dont les pathogènes survivent dans les eaux usées (persistance, dégradation et diminution de la concentration, notamment) et ce qui les affecte afin d’améliorer les stratégies d’échantillonnage et d’analyse;
- étudier les stratégies d’échantillonnage équitable et la façon dont elles contribuent à une surveillance plus complète de la santé publique des populations mal desservies;
- mettre au point et améliorer les tests et méthodologies pour les agents pathogènes émergents ou réémergents qui représentent une menace pour la santé publique;
- normaliser les méthodes pour garantir des résultats fiables et homogènes d’un laboratoire à l’autre et améliorer la comparabilité entre les régions;
- affiner la quantification des agents pathogènes dans les eaux usées;
- renforcer l’intégration avec les systèmes de surveillance clinique afin de traduire les données sur les eaux usées en informations exploitables.
Pour en savoir plus, veuillez consulter la page : Surveillance des eaux usées (Canada.ca)
Carte du réseau pancanadien de surveillance des eaux usées
Tableau de bord national de surveillance des eaux usées
L’ASPC a élaboré un tableau de bord permettant de suivre l’activité des virus respiratoires dans certaines grandes collectivités du Canada au fil du temps. Les données publiées sont mises à jour tous les mardis et vendredis (l’actualisation des données relatives aux variants se fait un vendredi sur deux). Cliquez ici pour accéder aux données :
Pour compiler les données sur les eaux usées, nous travaillons en collaboration avec des spécialistes de tout le pays, y compris des universitaires, des gouvernements autochtones et d’autres ministères fédéraux, ainsi qu’avec les administrations provinciales, territoriales et municipales. Notre rôle consiste à gérer et à héberger ces données, mais la décision de les divulguer et de les publier reste à la discrétion des administrations locales. L’ASPC utilise ces données en interne pour :
- alimenter les modèles de prévision et d’estimation du nombre de reproduction (Rt) afin d’en élargir l’utilité et d’accroître leur impact sur la santé publique;
- les intégrer à d’autres données de laboratoire (par exemple, génomiques) et à des données épidémiologiques (par exemple, incidence, complications graves, etc.) afin de mieux appréhender les risques liés aux maladies infectieuses;
- en faire l’analyse, l’interprétation et la synthèse dans un rapport destiné à être transmis aux partenaires provinciaux et locaux en matière de santé publique.
Modélisation fondée sur les eaux usées : prévoir l’évolution de la pandémie à l’aide des données sur les eaux usées
L’ASPC a mis au point un modèle mathématique permettant d’effectuer des prévisions à partir des données sur les eaux usées. Ce modèle rend compte des infections au COVID-19 dans les collectivités, en tenant compte de la manière dont les personnes infectées excrètent le virus responsable du COVID-19 dans les réseaux d’égouts, et de la manière dont le signal de SRAS-CoV-2 excrété est détecté et rapporté. Les données relatives aux cas cliniques et à la surveillance des eaux usées servent à établir des prévisions et à mieux comprendre l’évolution de la situation au sein de la population.
Enquête canadienne sur les eaux usées (ECEU) :
Statistique Canada et l’ASPC collaborent depuis novembre 2020 à la surveillance des eaux usées à Halifax, Montréal, Toronto, Edmonton et Vancouver.
City of Winnipeg, Manitoba:
L’ASPC collabore avec la ville de Winnipeg et la province du Manitoba à la surveillance des eaux usées dans les trois stations d’épuration de la ville.
Veuillez consulter les liens suivants pour en savoir plus sur l’ECEU :
- Enquête canadienne sur les eaux usées
- Informations détaillées de l’enquête canadienne sur les eaux usées
Groupes de travail et réunions de spécialistes
Surveillance nationale des eaux usées par le RLSPC
Dans le cadre du Réseau des laboratoires de santé publique du Canada (RLSPC), des spécialistes de la santé publique œuvrant dans le domaine de la surveillance des eaux usées à travers tout le pays se sont réunis pour établir une liste de priorités, remédier aux lacunes et accroître l’impact des données relatives à la surveillance des eaux usées à tous les niveaux de l’administration.
Groupe de travail de l’ASPC sur les eaux usées
L’ASPC dirige des groupes de travail et des réunions liés à la surveillance des eaux usées, afin de discuter des méthodes d’échantillonnage et de laboratoire, des modèles de données et de la modélisation, ainsi que des mesures et des réponses à apporter sur le plan de la santé publique. Les réunions sont mensuelles et portent sur des thèmes différents à chaque fois :
- Modélisation des données et interprétation épidémiologique pour discuter de la modélisation, des méthodes de modélisation et de l’interprétation des résultats des analyses des eaux usées et de leur lien avec la surveillance clinique.
- Génomique des eaux usées pour discuter de la détection des variants préoccupants/d’intérêt dans les eaux usées et de l’interprétation des résultats, et mettre en commun l’expertise des laboratoires.
- Détection par les laboratoires d’analyse des eaux usées pour discuter des méthodes (p. ex., PCR, AC/QC), des problématiques liées à l’échantillonnage, de l’interprétation des données, de la communication des résultats et de tout autre sujet lié aux méthodes de détection en laboratoire.
- Surveillance des eaux usées pour discuter des stratégies d’échantillonnage, de l’interprétation des données et de la communication et de la prise de mesures en santé publique, et créer un forum pour que la surveillance des eaux usées débouche sur des actions de santé publique.
Consortium mondial pour la surveillance des eaux usées et de l’environnement au service de la santé publique (GLOWACON)
L’Agence de la santé publique du Canada collabore avec d’autres partenaires mondiaux de la santé publique, notamment les Centers for Disease Control and Prevention (CDC) des États-Unis et l’Autorité européenne de préparation et de réaction en cas d’urgence sanitaire (HERA), dans le cadre du Consortium mondial pour la surveillance des eaux usées et de l’environnement au service de la santé publique (GLOWACON). Ce réseau vise à promouvoir la collaboration, la recherche et l’innovation, ainsi que la mise en commun des meilleures pratiques et des compétences, afin d’améliorer la surveillance des menaces émergentes à l’échelle mondiale et de consolider les efforts de préparation aux pandémies.
Publications and Reports
Click to show/hide publications and reports.
- Conforti et al. (2025) – Strengthening Policy Relevance of Wastewater-Based Surveillance for Antimicrobial Resistance
- Corrin et al. (2024) – A scoping review of human pathogens detected in untreated human wastewater and sludge
- Mejia et al. (2024) – Detection of Mpox Virus in Wastewater Provides Fore-Warning of Clinical Cases in Canadian Cities
- Oloye et al. (2024) – Solid-liquid distribution of SARS-CoV-2 in primary effluent of a wastewater treatment plant
- Overton et al. (2024) – Genomic Surveillance of Canadian airport wastewater samples allows early detection of emerging SARS-CoV-2 lineages.
- Sachdeva et al. (2024) – Preparing for Mpox Resurgence: Surveillance Lessons From Outbreaks in Toronto, Canada
- Asadi et al. (2023) – Assessment of rapid wastewater surveillance for determination of communicable disease spread in municipalities
- Champredon et al. (2023) – Editorial: Wastewater-based epidemiological surveillance of respiratory pathogens
- Fuzzen et al. (2023) – An improved method for determining frequency of multiple variants of SARS-CoV-2 in wastewater using qPCR assays
- Hasing et al. (2023) – Wastewater surveillance monitoring of SARS-CoV-2 variants of concern and dynamics of transmission and community burden of COVID-19
- Joung et al. (2023) – Coupling Wastewater-Based Epidemiological Surveillance and Modelling of SARS-COV-2/COVID-19: Practical Applications at the Public Health Agency of Canada
- Peterson et al. (2023) – RT-qPCR detection of SARS-CoV-2 mutations S 69-70 del, S N501Y and N D3L associated with variants of concern in Canadian wastewater sample
- Peterson et al. (2023) – Real-time quantitative reverse transcription polymerase chain reaction detection of SARS-CoV-2 Delta variant in Canadian wastewater
- Sachdeva et al. (2023) – Preparing for mpox resurgence: Surveillance lessons from outbreaks in Toronto, Canada
- Schmidt et al. (2023) – Realizing the value in “non-standard” parts of the qPCR standard curve by integrating fundamentals of quantitative microbiology
- Arts et al. (2022) – Community Surveillance of Omicron in Ontario: Wastewater- based Epidemiology Comes of Age
- Champredon et al. (2022) – Emergence and spread of SARS-CoV-2 Variants of Concern in Canada: A retrospective analysis from clinical and wastewater data
- Chen et al. (2022) – Antigenic drift and epidemiological severity of seasonal influenza in Canada
- Dai et al. (2022) – Statistical framework to support the epidemiological interpretation of SARS-CoV-2 concentration in municipal wastewater
- Daigle et al. (2022) – A sensitive and rapid wastewater test for SARS-COV-2 and its use for the early detection of a cluster of cases in a remote community
- Fuzzen et al. (2022) – Multiplex RT-qPCR assay (N200) to detect and estimate prevalence of multiple SARS-CoV-2 Variants of Concern in wastewater
- Hua et al. (2022) – Salivary testing for SARS-CoV-2 in the pediatric population: a diagnostic accuracy study
- Nourbakhsh et al. (2022) – A wastewater-based epidemic model for SARS-CoV-2 with application to three Canadian cities
- Oloye et al. (2022) – Rapid transition between SARS-CoV-2 variants of concern Delta and Omicron detected by monitoring municipal wastewater from three Canadian cities
- Xie et al. (2022) – RNA in Municipal Wastewater Reveals Magnitudes of COVID-19 Outbreaks across Four Waves Driven by SARS-CoV-2 Variants of Concern
- Barker at al. (2021) – MMMVI: Detecting SARS-CoV-2 variants of concern in metagenomic samples
- Chik et al. (2021) – Comparison of approaches to quantify SARS-CoV-2 in wastewater using RT-qPCR: Results and implications from a collaborative inter- laboratory study in Canada
- Johnson et al. (2021) – Clinical evaluation of the GeneXpert® Xpert® Xpress SARS-CoV-2/Flu/RSV combination test
- Landgraff et al. (2021) – Metagenomic sequencing of municipal wastewater provides a near-complete SARS-CoV-2 genome sequence identified as the B.1.1.7 variant of concern from a Canadian municipality concurrent with an outbreak
- Manuel et al. (2021) – The role of wastewater testing for SARS-CoV-2 Surveillance
- Moghadas et al. (2021) – Evaluation of COVID-19 vaccination strategies with a delayed second dose
- Nourbakhsh et al. (2021) – A wastewater-based epidemic model for SARS-CoV-2 with application to three Canadian cities
- Nourbakhsh et al. (2021) – Effectiveness and cost-effectiveness of RSV infant and maternal immunization programs: A case study of Nunavik, Canada
- Patriquin et al. (2021) – Generation of False-Positive SARS-CoV-2 Antigen Results with Testing Conditions outside Manufacturer Recommendations: A Scientific Approach to Pandemic Misinformation
Ressources
Études de cas canadiennes
Préparées par le Réseau canadien de l’eau
Documents d’orientation pour la surveillance des eaux usées
Agence de la santé publique du Canada :
- Normalization Practices for SARS-CoV-2 Data in Wastewater-based Epidemiology
- Emballage des échantillons d’eaux usées pour l’expédition
- Échantillonnage et transport des eaux usées des collectivités éloignées
Environnement et changement climatique Canada, Sciences des eaux usées :
Ontario – Ministère de l’Environnement, de la Protection de la nature et des Parcs :
Webinaires
L’ASPC a organisé ce webinaire le 1er avril 2021. Les présentations portaient sur les méthodes de laboratoire, les résultats de l’enquête d’interprétation de la santé publique et deux études de cas (Ottawa et Territoires du Nord-Ouest).
Le secrétariat sur les tests, recherche des contacts et stratégies de données de Santé Canada et l’Agence de la santé publique du Canada ont organisé cette session sur les leçons tirées de la surveillance du SRAS-CoV-2 dans les eaux usées provenant des usines de traitement des eaux usées ou en amont au niveau des installations.
Contactez-nous
Pour toute autre information ou pour assister à l’une de ces réunions, veuillez nous écrire à l’adresse suivante : nmlwastewater@phac-aspc.gc.ca