Programme de surveillance des eaux usées pour la COVID-19 de l’ASPC – Centre de collaboration nationale des maladies infectieuses

26 mars 2024

Le SRAS-Cov-2, le virus qui cause l’infection appelée la COVID-19, peut être détecté dans les selles des personnes infectées pendant une partie importante de leur maladie. Cela permet détecter et surveiller les eaux usées (eaux d’égout) pour la présence de la COVID-19 dans les communautés et les établissements institutionnels (p. ex. les établissements de soins de longue durée) sans qu’il soit nécessaire de procéder à des tests individuels. La surveillance des eaux usées peut également être utilisée pour surveiller la circulation des variantes préoccupants et, dans certaines circonstances, peut servir comme indicateur précoce de la présence de la COVID-19.

L’Agence de la santé publique du Canada (ASPC) travaille en collaboration avec d’autres ministères fédéraux, des gouvernements provinciaux, territoriaux et municipaux et des universités partout au Canada pour établir un réseau pancanadien de surveillance des eaux usées capable d’informere la propagation de la COVID-19 au Canada (voir les documents Carte et Chemin critique). Les eaux usées ont déjà été utilisées pour démontrer la détection précoce de la COVID-19 dans certaines juridictions canadiennes avant une augmentation des cas diagnostiqués cliniquement. Comme la COVID-19 peut être caractérisée par une infection symptomatique et asymptomatique, il est important de définir la présence de cas non diagnostiqués pour minimiser la probabilité d’épidémies. Même quelques jours d’alerte rapide peuvent être déterminants pour le succès des interventions de santé publique et peuvent être une source d’information importante pour les mesures de santé publique.

Outre la COVID-19, la surveillance des eaux usées peut être utilisée pour surveiller d’autres menaces pour la santé publique, notamment la présence d’une résistance aux antimicrobiens, d’autres maladies transmissibles (par exemple, la tuberculose) et des marqueurs chimiques indiquant la santé d’une communauté (par exemple, l’utilisation d’opioïdes).

Lien vers les documents :

Carte du réseau pancanadien des eaux usées

Tableau de bord national de surveillance des eaux usées

L’Agence de la santé publique du Canada a élaboré un tableau de bord pour suivre et comparer les niveaux de COVID-19 dans certaines grandes communautés du Canada au fil du temps. Ces données de signal et de tendance sont mises à jour les mardis et vendredis de chaque semaine et les données relatives aux variantes sont mises à jour toutes les deux semaines les vendredis. Ces données peuvent être trouvées ici: Tableau de bord sur la surveillance de la COVID-19 dans les eaux usées.

Enquête canadienne sur les eaux usées (ECEU)

Statistique Canada et l’ASPC ont collaboré à l’Enquête canadienne sur les eaux usées (ECEU) pour effectuer une surveillance des échantillons d’eaux usés pour le SRAS-CoV-2 provenant de diverse usines de traitement des eaux usées de cinq villes canadiennes (Halifax, Montréal, Toronto, Edmonton et Vancouver) depuis septembre 2020.

Rapports/tendances de la surveillance des eaux usées :

Pour plus d’information sur le ECEU, veuillez consulter les liens suivants :

Ville de Winnipeg, Manitoba – Rapports sur les tendances

L’ASPC travaille avec la ville de Winnipeg et la province de Manitoba pour effectuer une surveillance des eaux usées pour le SRAS-CoV-2 dans les trois usines de traitement des eaux usées de la ville.

Rapports/tendances de la surveillance des eaux usées :

Ville de Regina, Saskatchewan – Rapports sur les tendances

L’ASPC travaille avec Saskatchewan Health Authority, University of Regina et EPCOR Water Prairies pour effectuer une surveillance des eaux usées pour le SRAS-CoV-2 dans l’usine de traitement de la ville de Regina.

Rapports/tendances de la surveillance des eaux usées :

Regina: Rapport d’analyse des tendance des eaux usées : détection du SRAS-CoV-2 par N1 et N2 RT-qPCR

Ville de St. John’s, Terre-Neuve-et-Labrador – Rapport sur les tendances

L’ASPC travaille avec le government de Terre-Neuve-et-Labrador pour effectuer une surveillance des eaux usées pour le SRAS-CoV-2 dans l’usine de traitement de la ville de St. John’s.

Rapports/tendances de la surveillance des eaux usées :

St. John’s: Rapport d’analyse des tendance des eaux usées : détection du SRAS-CoV-2 par N1 et N2 RT-qPCR

Webinaires actuels et passés

L’ASPC a organisé un webinaire intitulé « Moving SARS-CoV-2 signals in Wastewater to Public Health Action » le 1^er avril 2020. Les présentations portaient sur les méthodes de laboratoire, les résultats de l’enquête d’interprétation de la santé publique et deux études de cas (Ottawa et Territoires du Nord-Ouest).
- Lien PDF ici

Le secrétariat sur les tests, recherche des contacts et stratégies de données de Santé Canada et l’Agence de la santé publique du Canada ont organisé une session conjointe le 27 september, 2021 sur la « Surveillance des eaux usées aux Canada – leçon apprise ». Les présentations ont porté sur les leçons tirées de la surveillance du SRAS-CoV-2 dans les eaux usées provenant des usines de traitement des eaux usées ou en amont au niveau des installations.
- Lien PDF ici

Publications et rapports

Barker at al. (2021) – MMMVI: Detecting SARS-CoV-2 variants of concern in metagenomic samples
Chik et al. (2021) – Comparison of approaches to quantify SARS-CoV-2 in wastewater using RT-qPCR: Results and implications from a collaborative inter-laboratory study in Canada
Landgraff et al. (2021) – Metagenomic sequencing of municipal wastewater provides a near-complete SARS-CoV-2 genome sequence identified as the B.1.1.7 variant of concern from a Canadian municipality concurrent with an outbreak
Manuel et al. (2021) – The role of wastewater testing for SARS-CoV-2 Surveillance
Nourbakhsh et al. (2021) – A wastewater-based epidemic model for SARS-CoV-2 with application to three Canadian cities
Arts et al. (2022) – Community Surveillance of Omicron in Ontario: Wastewater-based Epidemiology Comes of Age
Champredon et al. (2022) – Emergence and spread of SARS-CoV-2 Variants of Concern in Canada: A retrospective analysis from clinical and wastewater data
Daigle et al. (2022) – A sensitive and rapid wastewater test for SARS-COV-2 and its use for the early detection of a cluster of cases in a remote community
Fuzzen et al. (2022) – Multiplex RT-qPCR assay (N200) to detect and estimate prevalence of multiple SARS-CoV-2 Variants of Concern in wastewater
Xie et al. (2022) – RNA in Municipal Wastewater Reveals Magnitudes of COVID-19 Outbreaks across Four Waves Driven by SARS-CoV-2 Variants of Concern
Asadi et al. (2023) – Assessment of rapid wastewater surveillance for determination of communicable disease spread in municipalities
Fuzzen et al. (2023) – An improved method for determining frequency of multiple variants of SARS-CoV-2 in wastewater using qPCR assays
Hasing et al. (2023) – Wastewater surveillance monitoring of SARS-CoV-2 variants of concern and dynamics of transmission and community burden of COVID-19
Joung et al. (2023) – Coupling Wastewater-Based Epidemiological Surveillance and Modelling of SARS-COV-2/COVID-19: Practical Applications at the Public Health Agency of Canada
Peterson et al. (2023) – RT-qPCR detection of SARS-CoV-2 mutations S 69-70 del, S N501Y and N D3L associated with variants of concern in Canadian wastewater sample
Sachdeva et al. (2023) – Preparing for mpox resurgence: Surveillance lessons from outbreaks in Toronto, Canada
Corrin et al. (2024) – A scoping review of human pathogens detected in untreated human wastewater and sludge
Mejia et al. (2024) – Detection of Mpox Virus in Wastewater Provides Fore-Warning of Clinical Cases in Canadian Cities
Oloye et al. (2024) – Solid-liquid distribution of SARS-CoV-2 in primary effluent of a wastewater treatment plant

Document d’orientation pour la surveillance des eaux usées

Environnement et changement climatique Canada, Sciences des eaux usées

Rapport d’échantillonnage des eaux usées pour la surveillance épidémiologique

Agence de la santé publique du Canada:

Ontario – Ministère de l’Environnement, de la Protection de la nature et des Parcs:

Protocole d’évaluation des caractéristiques de rendement des PCR quantitatives en temps réel

Groupes de travail et réunions sur les eaux usées de l’Agence de la santé publique du Canada

L’Agence de la santé publique du Canada dirige des groupes de travail et des réunions liés à la surveillance des eaux usées pour la COVID-19 afin de discuter des méthodes d’échantillonnage et de laboratoire, des modèles de données et de la modélisation, ainsi que des mesures et des réponses en matière de santé publique. Il existe actuellement quatre groupes de travail et les réunions ont lieu toutes régulièrement :

Variants préoccupants du SRAS-CoV-2 dans les eaux usées

Ce groupe de travail réunit des chercheurs, des partenaires universitaires et gouvernementaux de tout le Canada travaillant sur la surveillance des eaux usées pour discuter de la détection des variants préoccupants/intéressants dans les eaux usées et de l’interprétation des résultats. La réunion met en évidence les principales questions liées à la détection et au séquençage des variants préoccupants/visés. Tous les laboratoires ou programmes de surveillance du pays fournissent une mise à jour et font part de leurs expériences.

Groupe de travail sur la détection du SRAS-CoV-2 par les laboratoires d’analyse des eaux usées

Ce groupe de travail réunit des laboratoires de tout le Canada qui effectuent des analyses et une surveillance des eaux usées relatives au SRAS-CoV-2 afin de discuter des méthodes (p. ex., PCR, AQ/CQ), des problèmes d’échantillonnage, de l’interprétation des données, de la communication des résultats et de tout autre sujet lié aux méthodes de détection en laboratoire.

Mise à jour sur la surveillance du SRAS-CoV-2 dans les eaux usées

Ce groupe de travail réunit des partenaires de la surveillance des eaux usées dans tout le pays afin de créer un forum permettant de faire passer la surveillance des eaux usées à l’action en matière de santé publique. Ce groupe de travail établit des liens entre les groupes d’échantillonnage de l’environnement, les laboratoires, les universités et la santé publique pour discuter des stratégies d’échantillonnage, de l’interprétation des données et des rapports et actions de santé publique.

Groupe de travail sur la modélisation des données et l’interprétation épidémiologique

Ce groupe de travail réunit des modélisateurs et des épidémiologistes de tous les échelons du gouvernement et du monde universitaire pour discuter de la modélisation, des méthodes de modélisation et de l’interprétation des résultats des analyses des eaux usées et de leur lien avec la surveillance clinique.

Pour assister à l’une de ces réunions, veuillez communiquer avec : nmlwastewater@canada.ca