Les variants préoccupants de la COVID 19 au Canada

Le SRAS-CoV-2, qui est à l’origine de la COVID-19, appartient à la famille des coronavirus. Les coronavirus tirent leur nom du latin corona, qui signifie « couronne » puisqu’il se forme à leur surface des protéines de spicule qui leur donnent l’apparence d’une couronne. La protéine de spicule comprend trois domaines : une courte queue cytoplasmique, un domaine transmembranaire et un ectodomaine. L’ectodomaine est sans doute la structure la plus importante du virus puisqu’il contribue à faciliter l’entrée du SRAS-CoV-2 dans les cellules de l’hôte. L’ectodomaine est composé de deux sous-unités, S1 et S2. Pour infecter les cellules de l’hôte, le SRAS-CoV-2 utilise la sous-unité S1 pour s’attacher à l’enzyme de conversion de l’angiotensine 2 (ECA2), qui est la porte d’entrée de l’hôte. Une fois fixé, le SRAS-CoV-2 utilise la sous-unité S2 pour fusionner son enveloppe virale avec la membrane externe de la cellule et ainsi pénétrer dans la cellule de l’hôte.

Les virus, y compris le SRAS-CoV-2, peuvent subir des modifications à la suite de mutations génétiques et produire ainsi de nouveaux variants. Parmi les nouveaux variants qui apparaissent, ceux dont les mutations améliorent la virulence et (ou) la transmissibilité se perpétueront. Il est donc est très préoccupant de voir qu’en poursuivant son évolution génétique, le SRAS-CoV-2 pourrait acquérir des mutations qui se retrouveront dans la protéine de spicule et augmenteront la transmissibilité du virus et (ou) diminueront la capacité du système immunitaire à détecter sa présence.

Au 20 mai 2022, cinq variants préoccupants du SRAS-CoV-2 avaient fait leur apparition et se transmettaient partout dans le monde. Un variant devient préoccupant lorsqu’il est associé à une augmentation de l’infectivité et (ou) de la transmissibilité.

Mis à jour le 20 mai, 2022

Rédigé par Toby Le

Autre nom : Omicron

Sous-variants : BA.1 & BA.2

Recombinants : XE ((BA.1, BA.2, BA.3, BA.4, BA.5)

Lieu d’origine : TBD

Manifestation initiale : Novembre 2021 (Organisation mondiale de la santé, 2021)

Impact sur l’efficacité des vaccins

  • 16 mai 2022 : Lors de la vague Omicron au Brésil, une infection antérieure offrait une protection de 85,6 % contre les complications graves. En revanche, l’immunité hybride, soit une infection antérieure et trois doses de vaccin (Pfizer), a augmenté jusqu’à 96 % la protection contre les complications graves (Cerqueira-Silva et coll. 2022).
  • 2 mai 2022 : [Prépublication] Les enfants âgés de 0 à 17 ans qui avaient reçu deux doses du vaccin BBIBP-CorV ou CoronaVac se sont révélés 35 % moins susceptibles de contracter une infection symptomatique lors de la vague Omicron à Shanghai (Wang et coll. 2022).
  • 21 avril 2022 : De 20 à 25 semaines après l’administration de deux doses du vaccin AstraZeneca, Pfizer ou Moderna, l’efficacité protectrice contre le variant Omicron est tombée sous 0 %, à 8,8 % et 14,9 % respectivement. Une dose de rappel avec le vaccin Pfizer ou Moderna a permis de restaurer des niveaux d’efficacité de protection élevés contre le variant Omicron. (Andrews et coll. 2022).
  • 17 février 2022 : On a constaté que la neutralisation in vitro contre Omicron était nettement plus élevée dans le sérum des patients ayant reçu trois doses du vaccin Pfizer que dans celui des patients n’ayant reçu que deux doses (Xia et coll. 2022).
  • 10 février 2022 : Une étude sur la susceptibilité à l’infection à la COVID-19 a été menée auprès d’individus âgés de moins de 18 ans déjà doublement vaccinés (Pfizer) ou qui avaient guéri de la COVID-19. Les résultats révèlent que 100 % des personnes vaccinées et des patients précédemment infectés peuvent produire des anticorps neutralisants contre la souche de type sauvage. À l’inverse, seules 38,2 % des personnes vaccinées et 26,7 % des patients infectés ont pu produire des anticorps neutralisants détectables contre le variant Omicron (Chen et al. 2022).
  • 21 janvier 2022 : Les sujets vaccinés ayant reçu trois doses de vaccins COVID-19 ARNm (Pfizer ou Moderna) sont moins susceptibles de contracter une infection symptomatique causée par les variants Omicron et Delta, par rapport aux sujets non vaccinés et aux personnes ayant reçu deux doses (Accorsi et al. 2022).
  • 25 janvier 2022 : Pfizer et BioNTech ont commencé leur essai clinique pour évaluer l’efficacité d’un candidat-vaccin à base d’Omicron chez les personnes âgées de 18 à 55 ans (Pfizer 2022a).
  • 26 décembre 2021 : Selon une étude en prépublication, une dose de rappel du vaccin BBIBP-CorV peut produire des titres neutralisants significativement plus élevés contre le variant Omicron que son schéma à deux doses. Pour information : le BBIBP-CorV est un vaccin viral inactivé produit par Sinopharm, une société d’État chinoise, à Pékin (X. Yu et coll. 2021).
  • 18 janvier 2022 : Les titres d’anticorps neutralisants chez les sujets doublement vaccinés (Pfizer) sont 22,8 fois plus faibles contre le variant Omicron que contre la souche de type sauvage. Cependant, après une troisième dose de rappel, les titres d’anticorps neutralisants contre le variant Omicron ont augmenté (23,4 fois) pour atteindre des niveaux comparables à ceux de la souche de type sauvage (Muik et al. 2022).
  • 16 décembre 2021 : Les sujets vaccinés avec le CoronaVac (schéma à deux doses) n’ont pas pu produire de titres neutralisants détectables contre le variant Omicron. Pour information : CoronaVac est un vaccin vivant inactivé à virion entier produit par une société basée à Pékin appelée Sinovac (Lu et coll. 2021).
  • 29 novembre 2021 : Moderna annonce trois stratégies vaccinales à l’étude pour lutter contre les variants d’Omicron : [a] Rappel à dose plus élevée du vaccin mRNA-1273/Moderna. Développement de [b] rappels multi-valents et de [b] rappels spécifiques à Omicron (mRNA-1273.529) (Moderna 2021d).
  • 30 novembre 2021 : Le directeur général de Moderna, Stéphane Bancel, prévoit que les vaccins existants seront moins efficaces contre Omicron que les variants antérieurs du SRAS-CoV-2 (Smyth 2021).
  • 7 décembre 2021 : Selon des données préliminaires recueillies auprès de chercheurs en Afrique du Sud, la capacité du vaccin Pfizer à induire une neutralisation des anticorps contre le variant Omicron est réduite de 41 fois par rapport au SARS-CoV-2 de type sauvage (Joseph et Branswell 2021; Sigallab 2021).
  • 8 décembre 2021 : Les données publiées par Pfizer montrent que la neutralisation des anticorps induite par le vaccin contre le variant Omicron est multipliée par 25 chez les patients ayant reçu une dose de rappel du vaccin Pfizer (Pfizer 2021a; Pfizer et BionTech 2021).
  • 14 décembre 2021 : Une étude en prépublication réalisée en Israël a révélé qu’une injection de rappel du vaccin Pfizer était associée à une protection accrue contre Omicron. Par comparaison, les sujets qui n’avaient reçu que deux doses de vaccin étaient moins protégés contre Omicron (évalué par les pairs et publié le 29 décembre 2021) (Nemet et coll. 2021a, 2021b).
  • 14 décembre 2021 : Selon une étude de la plus grande société d’assurance maladie d’Afrique du Sud, Discovery Ltd, les personnes ayant reçu deux doses de vaccin ont bénéficié d’une protection de 33 % contre Omicron, contre 80 % dans la période précédant Omicron. La protection contre l’hospitalisation due à une infection par Omicron a également diminué, passant de 93 % à 70 % après la période Omicron (Discovery Ltd. 2021).
  • Le 15 décembre 2021 : Une étude menée par des chercheurs de l’Université de Hong Kong montre que le variant Omicron peut infecter et se répliquer 70 fois plus rapidement que le type sauvage et le variant Delta du SRAS-CoV-2 dans un tissu bronchique humain isolé (HKUMed 2021).
  • 20 décembre 2021 : Moderna Inc. publie des données montrant une neutralisation élevée des anticorps d’Omicron avec deux différentes doses de rappel de Moderna. En outre, une vaccination de rappel de Moderna à 50 µg ou 100 µg a permis d’augmenter la neutralisation des anticorps contre Omicron d’environ 37 et 83 fois, respectivement, par rapport à la vaccination avant le rappel (Moderna 2021b).
  • 22 décembre 2021 : Une étude de l’Université d’Oxford indique qu’une troisième dose du vaccin AstraZeneca augmente la neutralisation des anticorps contre le variant Omicron (AstraZeneca 2021; Dejnirattisai et al. 2021).

Impact sur la transmission

  • 19 avril 2022 : [Prépublication] Peu importe leur statut vaccinal, les patients infectés par BA.1 et BA.2 présentaient des charges virales similaires dans leurs prélèvements nasopharyngés (Hirotsu et coll. 2022).
  • 9 avril 2022 : Dans une vidéo de l’OMS, la Dre Maria Van Kerkhove, responsable technique pour la COVID-19, explique que le XE serait 10 % plus transmissible que le BA.2 (WHO 2022).
  • 8 avril 2022 : La santé publique britannique confirme 1 125 cas de XE en date du 5 avril 2022. D’après ses analyses, le taux de croissance hebdomadaire du XE est de 12,6 % supérieur à celui du BA.2 (UK Health Security Agency 2022b).
  • 15 février 2022 : Selon la base de données Outbreak.info, le sous-variant BA.2 a été identifié dans au moins 74 pays dans le monde (Outbreak.info 2022).
  • 15 février 2022 : Selon une étude en prépublication, le nombre effectif de reproduction du sous-variant Omicron BA.2 est 1,4 fois plus élevé que celui du sous-variant Omicron BA.1 (Yamasoba et coll. 2022).
  • 10 février 2022 : Selon le directeur du Centre for Epidemic Response & innovation, le Dr Tulio de Oliveira, environ 100 % des cas détectés en Afrique du Sud sont causés par le sous-variant BA.2 (Sguazzin 2022).
  • 30 janvier 2022 : Après les premières infections dans les foyers, on a constaté que le sous-variant BA.2 infectait plus de membres du foyer que le sous-variant BA.1 (Lyngse et coll. 2022).
  • 14 janvier 2022 : À l’aide d’un système de modèles artificiel, tel que les lignes de cellules BHK21-ACE2, des chercheurs démontrent que le variant Omicron est plus infectieux que le variant Delta et la souche de type sauvage (Ma et coll. 2022).
  • 1er décembre 2021 : L’Afrique du Sud rapporte 8 561 cas du variant Omicron, soit environ 2,5 fois plus que le nombre total de cas enregistrés le 26 novembre 2021 (3 402) (Callaway et Ledford 2021).
  • 2 décembre 2021 : Une étude en prépublication révèle une augmentation des cas du variant Omicron chez les personnes ayant déjà été infectées par le SAR-CoV-2, ce qui suggère que ce variant pourrait échapper à l’immunité naturelle (Pulliam et al. 2021).
  • 3 décembre 2021 : La scientifique en chef de l’Organisation mondiale de la santé, Dre Soumya Swaminathan, a avancé que le variant Omicron pourrait supplanter le variant Delta dans les transmissions communautaires/mondiales (Guarascio et Nebehay 2021).

Arrivée au Canada

  • 6 avril 2022 : L’Agence de la santé publique du Canada (ASPC) confirme que six cas de XE ont été détectés au Canada (Khan 2022).
  • 28 janvier 2022 : L’administrateur en chef de la santé publique du Canada, le Dr Theresa Tam, annonce que plus de 100 cas de la sous-variante BA.2 ont été identifiés au Canada (Pelley 2022).
  • 28 novembre 2021 : L’Ontario détecte ses deux premiers cas du variant Omicron à Ottawa. Les deux patients avaient récemment voyagé au Nigeria (Aguilar 2021a; Gouvernement de l’Ontario 2021; Paas-Lang 2021).
  • 29 novembre 2021 : Le Québec confirme un premier cas du variant Omicron; le patient avait récemment voyagé depuis le Nigeria (Lofaro 2021 ; Marchand 2021).
  • 30 novembre 2021 : La Colombie-Britannique confirme son premier cas du variant Omicron dans la région sanitaire de Fraser; le patient avait voyagé au Nigeria (Dickson 2021 ; Martins 2021 ; Zussman 2021).
  • 30 novembre 2021 : L’Alberta confirme son premier cas du variant Omicron chez un individu ayant voyagé depuis le Nigeria et les Pays-Bas(Gervais 2021).
  • 7 décembre 2021 : Le Manitoba confirme son premier cas du variant Omicron chez un individu ayant récemment voyagé à l’étranger (Bergen 2021a).
  • 8 décembre 2021 : Le Yukon confirme ses deux premiers cas du variant Omicron (Ritchie 2021).
  • 8 décembre 2021 : La Saskatchewan détecte ses quatre premiers cas du variant Omicron dans un foyer dont les membres avaient récemment voyagé à l’étranger (Giles 2021).
  • 13 décembre 2021 : La Nouvelle-Écosse détecte ses premiers cas du variant Omicron à partir d’une éclosion à l’Université St. Francis Xavier à Antigonish. Au total, 40 cas de cette éclosion ont été liés au variant Omicron. (Doucette 2021; Munro 2021)
  • 13 décembre 2021 : Le Nouveau-Brunswick confirme ses trois premiers cas du variant Omicron : deux dans la région de Miramichi et un dans la région de Moncton. Tous ces cas sont liés à une éclosion précédente survenue à l’Université St. Francis Xavier à Antigonish, en Nouvelle-Écosse (L. Brown 2021; Perry 2021).
  • 14 décembre 2021 : L’Île-du-Prince-Édouard établit un lien entre son premier cas du variant Omicron et l’éclosion à l’Université St. Francis Xavier à Antigonish, en Nouvelle-Écosse (Gouvernement de l’Île-du-Prince-Édouard 2021; Price 2021).
  • 15 décembre 2021 : Terre-Neuve-et-Labrador rapporte son premier cas du variant Omicron dans la région sanitaire de l’Est de la province (CBC News 2021d ; Whiffen 2021).
  • 19 décembre 2021 : Les Territoires du Nord-Ouest confirment leur premier cas du variant Omicron directement lié à un voyage interprovincial (Down 2021 ; Government of Northwest Territories 2021; Williams 2021).

Risques pour les Canadiens

  • 3 mai 2022 : [Prépublication] Une infection antérieure par des variants autres qu’Omicron a été associée à une protection de 81 % contre l‘hospitalisation par une infection Omicron; cette protection est passée à 97 % chez les patients ayant également reçu trois doses du vaccin ARNm (Pfizer/Moderna) (Carazo et coll. 2022).
  • 2 mai 2022 : [Prépublication] On a constaté, dans les sérums prélevés chez des patients ayant déjà reçu trois doses du vaccin CoronaVac, que les variants BA.4 et BA.5 échappent à la neutralisation des anticorps plus efficacement que le variant BA.2 (Cao et coll. 2022).
  • 9 février 2022 : Les patients qui avaient été précédemment infectés par des variants autres qu’Omicron présentaient de faibles titres de neutralisation contre la protéine de spicule Omicron (Zou, Xia, et coll. 2022).
  • 1er mai 2022 : Une infection antérieure par le variant BA.1 génère une faible neutralisation sérique contre les sous-variants Omicron BA.4 (3,2 fois plus faible) et BA.5 (2,6 fois plus faible) (K. Khan et coll. 2022).
  • 26 mai 2022 : En utilisant le sérum de patients qui avaient été infectés par le variant BA.1, les chercheurs ont trouvé une neutralisation croisée limitée des autres souches variantes : BA.2 (4,2 fois plus faible), BA.3 (4,4 fois plus faible) et le type sauvage (28,4 fois plus faible) (Zou, Kurhade, et coll. 2022).
  • 25 mars 2022 : La santé publique du Royaume-Uni recense trois recombinants associés au variant Omicron : XF, XE, et XD. XD et XF sont tous deux des recombinants du sous-variant BA.1 des variants Delta et d’Omicron. Tandis que XE est un recombinant des sous-variants BA.1 et BA.2 d’Omicron, lié à 637 cas au Royaume-Uni. (UK Health Security Agency 2022a).
  • 4 mars 2022 : Employant la méthode RT-qPCR pour analyser les échantillons de patients, les chercheurs découvrent que le sous-variant BA.2 du variant Omicron est plus infectieux que le sous-variant BA.1 en raison de sa charge génomique plus élevée (c’est-à-dire des valeurs de cycle seuil [Ct] plus faibles) chez les patients infectés (Qassim et al. 2022).
  • 22 février 2022 : Selon une étude prépubliée du Statens Serum Institut, des chercheurs ont constaté qu’une réinfection par le sous-variant BA.2 peu après une infection par le sous-variant BA.1 était un phénomène rare qui touchait surtout les jeunes non vaccinés. En outre, les conséquences cliniques des sujets réinfectés par le sous-variant BA.2 étaient légères et n’ont pas entraîné d’hospitalisation ou de décès (Stegger et al. 2022).
  • 7 février 2022 : Une étude prépubliée révèle que les patients vaccinés et ayant déjà été infectés produisent des niveaux d’anticorps neutralisants similaires contre les sous-variants BA.1 et BA.2 d’Omicron (J. Yu et coll. 2022).
  • 24 janvier 2022 : L’Agence de sécurité sanitaire du Royaume-Uni identifie une sous-lignée du variant Omicron, nommée BA.2 (Agence de sécurité sanitaire du Royaume-Uni 2021b).
  • 14 janvier 2022 : L’Agence de santé publique du Canada (ASPC) publie des données montrant une forte augmentation des cas de COVID-19 dus au variant Omicron, lequel a rapidement remplacé le variant Delta comme variant dominant au Canada. On pense que les taux d’infection élevés vont mettre à rude épreuve la capacité des services de santé dans un avenir proche (Agence de la santé publique du Canada, 2022).
  • 27 décembre 2021 : Une étude en prépublication montre que les personnes ayant reçu un vaccin de rappel sont mieux protégées contre la transmission secondaire du variant Omicron au sein du foyer que les personnes non vaccinées ou entièrement vaccinées (2 doses) (Lyngse et coll. 2021).
  • 14 décembre 2021 : Selon une étude menée par la plus grande société d’assurance maladie d’Afrique du Sud, Discovery Ltd, le risque relatif de réinfection par Omicron est de 40 % et de 60 % pour les personnes qui avaient déjà été infectées par les variants Delta ou Beta, respectivement. (Discovery Ltd. 2021).
  • 22 décembre 2021 : Un rapport de l’Imperial College London conclut que le risque d’hospitalisation lié aux infections par Omicron est inférieur à celui de Delta d’au moins 20 à 25 % (Imperial College London 2021).
  • 28 décembre 2021 : Selon la Food and Drug Administration américaine, les tests antigéniques rapides pourraient être moins sensibles pour détecter les infections Omicron (c’est-à-dire davantage de faux négatifs) (U.S. Food & Drug Administration 2021).

Gravité de la maladie

  • 27 janvier 2022 : Par rapport aux variants précédents (Wild-type, Alpha, Beta et Delta), le variant Omicron présentait la plus faible efficacité de réplication dans les échantillons de parenchyme pulmonaire. Les auteurs avancent que la diminution de la capacité de réplication d’Omicron pourrait expliquer la gravité réduite de la maladie (Hui et coll. 2022).
  • 15 février 2022 : en utilisant des hamsters comme systèmes modèles, le sous-variant BA.2 s’est avéré plus pathogène que le sous-variant BA.1 (Yamasoba et coll. 2022).
  • 14 décembre 2021 : Une étude de la plus grande société d’assurance maladie d’Afrique du Sud, Discovery Ltd, constate une diminution de 29 % des admissions à l’hôpital pour les adultes en Afrique du Sud, par rapport à sa première vague de COVID-19 en 2020 (Discovery Ltd. 2021).
  • 21 décembre 2021 : Une étude en prépublication menée par des chercheurs en Afrique du Sud révèle que le risque de maladie grave par une infection Omicron était inférieur de 70 % à celui d’une infection Delta (Wolter et coll. 2021).

Mutations importantes

  • 23 novembre 2021 : L’initiative scientifique mondiale, GISAID, confirme que le variant Omicron présente 32 mutations à la protéine de spicule (Agence britannique de sécurité sanitaire 2021a).
  • 25 novembre 2021 : Certains estiment que ces 32 mutations à la protéine de spicule pourraient contribuer à une évasion immunitaire et à une transmission accrues (Callaway 2021).

Autre nom 202012/01

Lieu d’origine: R.-U.

Manifestation initiale : Septembre 2020

Impact sur l’efficacité des vaccins

  • 3 juin 2021 : Les sérums des personnes ayant reçu deux doses du vaccin Pfizer ont pu neutraliser les trois variants, bien qu’à des niveaux réduits comparativement à la souche de type sauvage : B.1.17 (‑6 fois), B.1.617.2 ( -5,8 fois) et B.1.351 (-4,9 fois). À l’inverse, une dose du vaccin Pfizer a été associée à des titres d’anticorps neutralisants réduits contre les variants susmentionnés à des niveaux statistiquement importants comparativement à la souche de type sauvage. (Wall et al., 2021)
  • 9 mars 2021 : Une étude publiée par le New England Journal of Medicine révèle que le vaccin Pfizer, le vaccin BNT162b2, a un niveau d’efficacité aussi élevé pour neutraliser le variant P.1 que le variant B.1.1.7. Le vaccin s’est aussi révélé efficace contre le variant B.1.351, mais dans une moindre mesure (Liu et al., 2021).
  • 28 janvier 2021 : Novavax annonce les résultats de ses essais cliniques de la phase 3 réalisés au Royaume-Uni et indique que son vaccin, le vaccin NVX-CoV2373, est efficace à 89,3 % contre le SRAS-CoV-2 (Novavax, 2021b). Environ la moitié des cas symptomatiques confirmés par un test PCR et provenant du groupe placebo, qui n’avaient donc pas reçu le vaccin, ont été infectés par le variant B.1.1.7. Ces résultats suggèrent par conséquent que le vaccin NVX-CoV2373 peut quand même offrir une protection contre le variant B.1.1.7.
  • 25 janvier 2021 : Moderna Inc. annonce que son vaccin, le vaccin ARNm-1273, est capable d’induire la production d’anticorps neutralisants contre le variant B.1.1.7 à des niveaux similaires à ceux des anciens variants (Moderna, 2021b; Wu et al., 2021).
  • 19 janvier 2021 : Des chercheurs de Pfizer et BioNtech ont développé un pseudovirus à l’aide d’une mutation du variant B.1.1.7, le variant N501Y. La société a mis le vaccin à l’essai, le vaccin BNT162b2, contre le pseudovirus et a découvert que son efficacité reste constante (Muik et al., 2021).

Impact sur la transmission

  • 7 janvier 2021 : Une étude examinée par des pairs révèle une augmentation de 75 % de la transmissibilité du variant B.1.1.7 par rapport à la souche originelle. (Leung, Shum, Leung, Lam et Wu, 2021)
  • 18 décembre 2021 : Le NERVTAG, groupe qui conseille le gouvernement britannique sur les virus respiratoires, publie un rapport qui indique que le variant B.1.1.7 présente un taux de transmission plus élevé que les souches du SRAS-CoV-2 précédentes (Hayward, Shen Lim Julian Hiscox et Edmunds, 2020). Trois mois après son apparition (en septembre), le variant B.1.1.7 est devenu la souche prédominante en circulation au R. U. (Ecdc, 2021)

Arrivée au Canada

  • 26 avril 2021 : Le Nunavut confirme la présence de ses premiers cas du variant B.1.1.7. Un total de 21 cas positifs du variant B1.1.7 sont confirmés à cette date. (Tranter, 2021)
  • 2 avril 2021 : Les Territoires du Nord-Ouest signalent la présence d’un premier cas du variant B1.1.7 dans un site minier éloigné. (Radio-Canada, 2021b)
  • 5 mars 2021 : Le Yukon confirme la présence d’un premier cas du variant B.1.1.7. (Gouvernement du Yukon, 2021; PLONKA, 2021)
  • 13 février 2021 : L’Île-du-Prince-Édouard confirme la présence d’un premier cas du variant B.1.1.7, qui est lié à un voyage international. La personne en question est âgée de la vingtaine et n’a pas eu de contacts étroits depuis son retour au Canada. (MacLeod, 2021; Press, 2021)
  • 12 février 2021 : Les autorités médicales de Terre-Neuve-et-Labrador signalent une éclosion du variant B.1.1.7 dans la région métropolitaine de St. John’s. Des tests préliminaires effectués sur 19 échantillons qui ont été acheminés par le gouvernement de la province révèlent la présence du variant B.1.1.7 dans tous les échantillons. (Quon, 2021)
  • 9 février 2021 : Le Manitoba confirme la présence d’un premier cas du variant B.1.1.7 dans un échantillon qui a été prélevé le 22 janvier 2021. Le cas fait suite à un voyage international. D’autres rapports révèlent que la personne infectée a été en contact avec 5 autres personnes qui, à ce jour, ont toutes obtenu un résultat négatif aux tests de dépistage de la COVID 19. (Bergen, 2021; Billeck, 2021)
  • 2 février 2021 : Les trois premiers cas du variant B.1.1.7 sont confirmés au Nouveau-Brunswick, deux dans la région de St. John et un dans la région de Miramichi. Deux des cas sont liés à un voyage international, tandis que le troisième fait suite à un voyage à l’intérieur du Canada. (L. Brown & Horne Van, 2021)
  • 2 février 2021 : La Saskatchewan confirme la présence des deux premiers cas positifs du variant B.1.1.7 chez deux résidents de Régina. (Saskatchewan, 2021; Sciarpelletti, 2020) Deux jours plus tard, les autorités de la province confirment la présence d’un premier cas du variant B.1.1.7 à Saskatoon. (Gouvernement de la Saskatchewan, 2021)
  • 22 janvier 2021 : La Nouvelle-Écosse confirme la présence des deux premiers cas de variants de la COVID 19, les variants B.1.1.7 et B.1.351. Les deux cas sont liés à des voyages effectués à l’extérieur du Canada et aucun n’a causé de transmission communautaire. (Farnell, 2021; Gouvernement de la Nouvelle-Écosse, 2021)
  • 29 décembre 2020 : Le Québec confirme la présence d’un premier cas du variant B.1.1.7 chez une personne dont un membre de la famille est revenu au pays le 11 décembre après un séjour au R. U. Le voyageur avait alors obtenu un résultat positif de la COVID 19 le 13 décembre. La personne ayant voyagé a suivi les règles de quarantaine et est demeurée à la maison avec trois membres de sa famille immédiate. La présence du variant B.1.1.7 a par la suite été confirmée chez un membre de cette famille. D’autres tests ont révélé que les trois membres ont contracté la COVID 19. (Caruso-Moro, 2020; Cori-Manocchio, 2020; Magder, 2020; Québec, 2020)
  • 25 décembre 2020 : L’Alberta confirme la présence d’un premier cas positif du variant B.1.1.7 chez une personne qui a récemment été en voyage au Royaume-Uni. (Franson, 2020; Mertz, 2020)
  • 27 décembre 2020 : La Colombie-Britannique confirme la présence d’un premier cas positif du variant B.1.1.7 chez une personne qui est revenue du R. U le 15 décembre. (Uguen-Csenge et Kearney, 2020)
  • 26 décembre 2020 : L’Ontario confirme la présence des premiers cas au Canada du variant B.1.1.7 chez deux personnes de Toronto (Aziz, 2020; Jabakhanji, 2020; Rocca, 2020)

Risques pour les Canadiens :

  • 29 mars 2021 : Un rapport produit par l’Ontario COVID-19 Science Advisory Table précise que 67 % de tous les cas de COVID‑19 en Ontario sont attribuables à des variants préoccupants. Les cas de variants préoccupants sont associés à une augmentation du risque d’hospitalisation (63 %), d’hospitalisation à l’unité des soins intensifs (103 %) et de décès (56 %). Le rapport révèle aussi que 90 % des cas de variants préoccupants en Ontario sont attribuables au variant B.1.1.7. (Tuite et al., 2021)
  • 30 mars 2021 : Une étude publiée prévoit une transmissibilité du variant B.1.1.7 50 % plus élevée que la souche de type sauvage et une progression dans une proportion dont le taux est d’environ 7,5 % par jour aux États-Unis. (Washington et al., 2021) 
  • 23 mars 2021 : L’administratrice en chef de la santé publique du Canada, la Dre Theresa Tam, signale que la hausse des cas de COVID 19 en raison du variant B.1.1.7 est actuellement plus élevée parmi les jeunes au Canada. (D’Amore, 2021)
  • 19 mars 2021 : La Dre Theresa Tam indique qu’il y a environ 4500 cas de variants de la COVID 19 au Canada, dont 90 % sont attribués au variant B.1.1.7. (Zuber, 2021)
  • 18 mars 2021 : Une étude prépublication signale un premier cas d’infection au variant B.1.1.7 chez des chats et des chiens domestiques. (Ferasin, Fritz, Ferasin, Legros et Leroy, 2021)
  • 16 mars 2021 : Le premier ministre du Québec, François Legault, prévient la population que le variant B.1.1.7 deviendra la souche dominante dans la province d’ici la fin d’avril. (Derfel, 2021)
  • 2 mars 2021 : La santé publique découvre un deuxième variant du SRAS-CoV-2 à la suite d’une éclosion aux appartements Skyline-Lancelot, à North Bay, en Ontario; deux cas positifs du variant B.1.1.7. (MacDonald, 2021c)
  • o 1er mars 2021 : On confirme qu’une troisième personne est décédée des suites de l’éclosion de variants de la COVID 19 aux appartements Skyline-Lancelot. (MacDonald, 2021b)
  • o 26 février 2021 : Le Bureau de santé du district de North Bay-Parry Sound confirme la présence de 42 cas positifs de COVID 19 à la suite de l’éclosion aux appartements Skyline-Lancelot. Parmi ces cas positifs, 12 sont des cas du variant B.1.351 de la COVID 19. (MacDonald, 2021a)
  • o 11 février 2021 : Une éclosion d’un variant de la COVID 19 est signalée aux appartement Skyline-Lancelot. Le Bureau de santé publique confirme la présence de 24 cas positifs de COVID 19. (Mullan, 2021)
  • 13 février 2021 : Dans une modélisation réalisée par l’épidémiologiste Caroline Colijn, la chercheuse montre que si l’on ne parvient pas à endiguer et à prévenir la transmission du variant B.1.1.7, on pourrait assister à une flambée des cas en mars, avec plus de 5000 cas par jour en Colombie-Britannique, en Ontario et en Saskatchewan. (Are & Colijn, 2021)
  • 12 février 2021 : Le gouvernement de Terre-Neuve-et-Labrador déclare qu’un variant est à l’origine de la flambée de cas positifs de SRAS-CoV-2 dans la région de St. John’s. Dans l’hypothèse où le variant B.1.1.7 serait responsable de la flambée de cas, la province est passée au niveau d’alerte 5. Des tests préliminaires effectués sur 19 échantillons qui ont été acheminés par le gouvernement de la province révèlent tous la présence du variant. (Quon, 2021)
  • 12 février 2021 : Selon une étude prépublication, le variant B.1.1.7 a eu le potentiel d’accélérer la transmission des infections par un facteur de 1,8 par semaine dans la région du Grand Toronto en janvier. (K. A. Brown et al., 2021)
  • 11 février 2021 : Des experts scientifiques prédisent que le variant B.1.1.7 deviendra éventuellement la souche dominante du SRAS-CoV-2 en Ontario. On croit que les cas du variant B.1.1.7 augmenteront à la fin de février. (Update on COVID-19 Projections Science Advisory and Modelling Consensus Tables, 2021)
  • 25 janvier 2021 : L’Alberta confirme la présence de son premier cas de variant B.1.1.7 qui ne serait pas lié à un voyage. Le ministre albertain de la Santé, Tyler Shandro, se dit préoccupé par le fait que le variant peut avoir commencé à circuler dans la communauté. (Antoneshyn, 2021)
  • 8 janvier 2021 : Une éclosion de COVID 19 est déclarée à la résidence Roberta Place, un établissement de soins de longue durée situé à Barrie, en Ontario.
  • o 2 janvier : Des tests préliminaires permettent de révéler que 6 cas positifs sont attribuables au variant B.1.1.7. On croit qu’au moins 21 membres du personnel de l’établissement et personnes ayant pénétré sur les lieux ont été infectés par ce variant.
  • o 26 janvier 2021 : L’Unité de santé du district de Simcoe Muskoka découvre plus de 100 cas du variant B.1.1.7 ayant un lien avec l’éclosion à la résidence Roberta Place. (Momney, 2021)
  • o 8 février 2021 : Des rapports révèlent que 129 résidents de la résidence Roberta Place sont positifs à la COVID 19, et que 69 sont décédés. (Goldfinger, 2021; Morris, 2021)
  • o 9 février 2021 : Il est confirmé que 65 cas de résidents atteints de la COVID-19 ont le variant B.1.1.7. On indique que 18 autres personnes ont obtenu un résultat positif au test de dépistage de la présence d’une mutation, et que les résultats devront être validés pour confirmer le variant. (CP24, 2021)
  • 12 décembre 2020 : La Santé publique de l’Angleterre publie un rapport qui montre que le variant B.1.1.7 peut échapper à la détection lors de tests PCR qui utilisent l’amplification du gène « S », aussi désigné comme la négativation de la détection du gène S (SGTF). (England, 2020; Galloway et al., 2021; Santé publique de l’Angleterre, 2021)

Gravité de la maladie

  • 12 avril 2021 : Deux études publiées n’ont révélé aucune preuve de l’aggravation de la maladie chez les patients infectés par le variant B.1.1.7 (Frampton et al., 2021; Graham et al., 2021)
  • 15 mars 2021 : Une étude publiée dans la revue Nature estime que le taux de mortalité est plus élevé de 61 % chez les malades ayant contracté le variant B.1.1.7. (Davies et al., 2021)
  • 10 mars 2021 : Une étude publiée dans la revue BMJ estime que le variant B.1.1.7 est 64 % plus mortel que le coronavirus classique. (Challen et al., 2021)
  • 21 janvier 2021 : Le groupe NERVTAG publie un rapport qui laisse entendre que le variant B.1.1.7 est lié à un accroissement de 30 % du risque de décès comparativement aux souches précédentes. (Horby et al., 2021) Dans sa conclusion, le rapport fait également état de plusieurs limites, notamment la petite taille de l’échantillon.

Mutations importantes

  • N501Y : Mutation en 501e position dans le domaine de liaison au récepteur (RBD) de la protéine de spicule. Cette mutation comprend des substitutions des acides aminés, l’asparagine (N) ayant été remplacée par la tyrosine (Y).
  • P681H : Mutation au niveau du site de clivage de la protéine de spicule. (CDC, 2020).

Autre nom : 501Y.V2

Manifestation initiale : Octobre 2020

Lieu d’origine : Afrique du Sud

Impact sur l’efficacité des vaccins

  • 7 juin 2021 : Les sérums des personnes ayant eu la COVID‑19 et celui des personnes ayant reçu les deux doses du vaccin COVAXX ont pu neutraliser les variants Beta et delta. Toutefois, les titres d’anticorps neutralisants du variant Beta étaient réduits dans les sérums des personnes ayant eu la COVID-19 (-3,3 fois) et dans celui des personnes vaccinées (-3,0 fois). (Yadav, Sapkal, Ella, et al., 2021)
  • 3 juin 2021 : Les sérums des personnes ayant reçu deux doses du vaccin Pfizer ont pu neutraliser les trois variants, bien qu’à des niveaux réduits comparativement à la souche de type sauvage : B.1.17 (‑2,6 fois), B.1.617.2 ( -5,8 fois) et B.1.351 (-4,9 fois). À l’inverse, une dose du vaccin Pfizer a été associée à des titres d’anticorps neutralisants réduits contre les variants susmentionnés à des niveaux statistiquement importants comparativement à la souche de type sauvage. (Wall et al., 2021)
  • 9 mars 2021 : Une étude publiée par le New England Journal of Medicine révèle que le vaccin Pfizer, le vaccin BNT162b2, a un niveau d’efficacité aussi élevé pour neutraliser le variant P.1 que le variant B.1.1.7. Le vaccin s’est aussi révélé efficace contre le variant B.1.351, mais dans une moindre mesure (Liu et al., 2021)
  • 7 février 2021 : AstraZeneca dévoile les résultats des essais du vaccin réalisés en Afrique du Sud, lesquels indiquent une efficacité limitée contre le variant B.1.351. (Wits University, 2021). L’étude est actuellement à l’étape de l’évaluation par des pairs.
  • 29 janvier 2021 : Johnson & Johnson, qui est la seule entreprise pharmaceutique à développer un vaccin à une seule injection, dévoile les résultats obtenus à la suite de la phase 3 de ses essais cliniques réalisés aux États-Unis, en Amérique latine et en Afrique du Sud. Une analyse des résultats révèle que le vaccin est efficace à 72 %, à 66 % et à 57 %, respectivement aux États-Unis, en Amérique latine et en Afrique du Sud. L’efficacité limitée du vaccin observée lors de l’essai clinique réalisé en Afrique du Sud est attribuée au variant B.1.351. (Johnson & Johnson, 2021a; Zimmer, Weiland et LaFraniere, 2021)
  • 28 janvier 2021 : Novavax communique les résultats périodiques obtenus à la suite de ses essais cliniques réalisés en Afrique du Sud et révèle que son vaccin a une efficacité limitée (de 40 à 60 %) contre le variant B.1.351. (Novavax, 2021b)
  • 25 janvier 2021 : Moderna Inc. a observé une réduction par six des titres d’anticorps neutralisants produits par son vaccin, le vaccin ARNm 1273, contre le variant B.1.351. Malgré une efficacité limitée, les niveaux des titres d’anticorps neutralisants restent au-dessus de ce qui est nécessaire pour assurer une protection contre le SRAS-CoV-2. (Moderna, 2021b; Wu et al., 2021) Moderna Inc. envisage d’étudier l’impact qu’aurait un booster, soit une dose de rappel supplémentaire, de son vaccin sur le niveau de titres d’anticorps neutralisants contre le variant B.1.351. De plus, la société travaille à la mise au point d’un vaccin booster (de rappel), le vaccin ARNm 1273.351, qui ciblerait le variant B.1.351. (Moderna, 2021b)

Impact sur la transmission

  • 28 janvier 2021 : Aux États-Unis, les deux premiers cas du variant B.1.351 sont recensés en Caroline du Sud. (Johnson & Achenbach, 2021; Liu et Stobbe, 2021)
  • 23 décembre 2020 : Le professeur Salim Abdool Karim, président du Comité consultatif ministériel sur la COVID 19, laisse entendre que le variant B.1.351 serait 50 % plus contagieux que les souches précédentes. (SABC, 2021)

Arrivée au Canada

  • 12 avril 2021 : Le Nouveau-Brunswick signale la présence de deux premiers cas du variant B.1.351 dans la région de Saint John. (Renic, 2021)
  • 31 mars 2021 : Terre-Neuve-et-Labrador confirme la présence du premier cas du variant B.1.351 dans la région sociosanitaire de l’Est. (Moore, 2021b)
  • 2 mars 2021 : Le Manitoba confirme la présence des deux premiers cas du variant B.1.351 à Winnipeg. (Gibson, 2021; Gouvernement du Manitoba, 2021)
  • 23 février 2021 : La Saskatchewan confirme la présence d’un premier cas du variant B.1.351 au centre-nord de la province. (Ellis, 2021)
  • 9 février 2021 : Le Québec confirme la présence des deux premiers cas du variant B.1.351 en Abitibi-Témiscamingue, dans l’ouest de la province. Les deux cas ne sont pas liés à des voyages internationaux. (Montpetit et Shingler, 2021; Ross, 2021; Simona Maratta, 2021)
  • 2 février 2021 : L’Ontario confirme la présence d’un premier cas du variant B.1.351 dans la région de Peel, au sud-est de la province. (Freeman, 2021)
  • 22 janvier 2021 : La Nouvelle-Écosse confirme la présence des deux premiers cas de variants de la COVID 19, les variants B.1.1.7 et B.1.351. Les deux cas sont liés à des voyages effectués à l’extérieur du Canada et aucun n’a causé de transmission communautaire. (Farnell, 2021)
  • 14 janvier 2021 : La Colombie-Britannique confirme la présence d’un premier cas du variant B.1.351. (Holliday, 2021; Little, 2021)
  • 8 janvier 2021 : L’Alberta confirme la présence du premier cas au Canada du variant B.1.351. (Heidenreich & Ramsay, 2021)

Risques pour les Canadiens

  • 2 mars 2021 : La santé publique découvre un deuxième variant du SRAS-CoV-2 à la suite d’une éclosion aux appartements Skyline-Lancelot, à North Bay, en Ontario; deux cas positifs du variant B.1.1.7. (MacDonald, 2021c)
  • o 1er mars 2021 : On confirme qu’une troisième personne est décédée des suites de l’éclosion de variants de la COVID 19 aux appartements Skyline-Lancelot. (MacDonald, 2021b)
  • o 26 février 2021 : Le Bureau de santé du district de North Bay-Parry Sound confirme la présence de 42 cas positifs de COVID 19 à la suite de l’éclosion aux appartements Skyline-Lancelot. Parmi ces cas positifs, 12 sont des cas du variant B.1.351 de la COVID 19. (MacDonald, 2021a)
  • o 11 février 2021 : Une éclosion d’un variant de la COVID 19 est signalé aux appartement Skyline-Lancelot. Le Bureau de santé publique confirme la présence de 24 cas positifs de COVID 19. (Mullan, 2021)
  • 9 février 2021 : Selon le Dr Horacio Arruda, directeur de la santé publique du Québec, il se peut que le variant B.1.351 soit responsable de deux éclosions de COVID 19 survenues en Abitibi-Témiscamingue en janvier 2021. D’après la Dre Omobola Sobanjo, médecin-conseil à la direction de la santé publique de l’Abitibi-Témiscamingue, les résultats préliminaires indiquent que jusqu’à 30 cas peuvent être liés directement aux deux premiers cas du variant B.1.351 recensés au Québec. (Montpetit & Shingler, 2021; Ross, 2021; Simona Maratta, 2021)
  • 28 janvier 2021 : Novavax Inc. publie les résultats de ses essais cliniques des phases 3 et 2b réalisés respectivement au Royaume-Uni et en Afrique du Sud. Dans leur analyse préliminaire, les chercheurs ont fourni des données qui laissaient entendre que des patients ayant déjà été infectés par la souche originale du SRAS-CoV-2 pouvaient être infectés de nouveau par la souche B.1.351. (Novavax, 2021b) Ces données ont ensuite été publiées dans le rapport suivant. (Novavax, 2021a)

Gravité de la maladie

Aucune donnée (2021-02-14)

Mutations importantes

  • Acquisition de plusieurs mutations dans les protéines de spicule : N501Y, E484K, K417N, D614G et A701V. (CDC, 2020)

Autre nom : B.1.1.248

Manifestation initiale : Novembre 2020 (Organisation mondiale de la santé, 2021)

Lieu d’origine : Brésil

Impact sur l’efficacité des vaccins

  • 5 juin 2021 : Selon une étude prépublication, une dose du vaccin Pfizer ou Moderna peut conférer une grande protection contre les variants P.1 (61 %) et B.1.1.7 (67 %) chez les personnes de 70 ans et plus de la Colombie-Britannique à partir de 21 jours après la vaccination. (Skowronski et al., 2021)
  • 9 mars 2021 : Une étude publiée par le New England Journal of Medicine révèle que le vaccin Pfizer, le vaccin BNT162b2, a un niveau d’efficacité aussi élevé pour neutraliser le variant P.1 que le variant B.1.1.7. Le vaccin s’est aussi révélé efficace contre le variant B.1.351, mais dans une moindre mesure (Liu et al., 2021).
  • 25 janvier 2021 : Puisque le variant P.1 présente une mutation similaire à celle du variant B.1.1.7, les chercheurs prévoient que le vaccin Moderna sera aussi efficace contre les deux variants. (Pietsch et Mandavilli, 2021)

Impact sur la transmission

  • 5 mars 2021 : Dans une étude prépublication, des chercheurs ont posé l’hypothèse que le variant P.1 est 2,5 fois plus transmissible que la souche de type sauvage et est associé à une probabilité de réinfection de l’ordre de 6,4 %. (Mendes Coutinho et al., 2021)
  • 27 janvier 2021 : Des chercheurs affirment que le variant P.1 est la souche dominante du SRAS-CoV-2 à Manaus, au Brésil. (France24, 2021)
  • 25 janvier 2021 : Le premier cas aux États-Unis du variant P.1 est recensé au Minnesota. (Health, 2021)
  • 12 janvier 2021 : Le Réseau génomique du CADDE (Center for Arbovirus Discovery, Diagnostics, Genomics, and Epidemiology) indique que 85 % des virus des échantillons génotypés provenant de Manaus, au Brésil, appartiennent au variant P.1. (N. R. Faria, Claro, et al., 2021)
  • 16-23 décembre : Des chercheurs découvrent que 13 des 31 tests RT-PCR (42 %) effectués à Manaus, au Brésil, se révèlent positifs au nouveau variant P1. Les données ont été rendues publiques le 12 janvier 2021. (N. Faria & et-al, 2021)

Arrivée au Canada

  • 6 mai 2021 : Le Nouveau-Brunswick confirme la présence d’un premier cas du variant P.1 dans la région de Bathurst, Zone 6. (Sutherland, 2021)
  • 28 avril 2021 : Terre-Neuve-et-Labrador signale la présence d’un premier cas du variant P.1. (La Presse canadienne, 2021a)
  • 20 avril 2021 : La Saskatchewan confirme la présence de cinq premiers cas du variant P.1 dans la région du sud-ouest. (Ellis, 2021b; Quenneville, 2021)
  • 18 avril 2021 : La Nouvelle-Écosse signale la présence d’un premier cas du variant P.1. (Avril, 2021; Gouvernement de la Nouvelle-Écosse, 2021a)
  • 15 avril 2021 : Le Manitoba confirme la présence d’un premier cas du variant P.1 dans la région sociosanitaire Interlake-Eastern. (Gibson, 2021b; Unger, 2021)
  • 14 mars 2021 : L’Alberta confirme la présence des deux premiers cas du variant P.1 dans la région de Calgary. (Babych, 2021; R-C, 2021b)
  • 10 mars 2021 : Le Québec confirme la présence d’un premier cas du variant P.1 à Montréal. (Laframboise, 2021; La Presse canadienne, 2021)
  • 8 février 2021 : L’Ontario confirme la présence du premier cas au Canada du variant P.1 à Toronto, en Ontario. Le cas fait suite à un voyage effectué au Brésil. (Favaro, St. Philip et Jones Mae, 2021)

Risque pour les Canadiens

  • 6 avril 2021 : Le nombre total de cas du variant P.1 en Colombie-Britannique s’élève à 872. La province a ainsi la plus forte concentration au monde du variant brésilien à l’extérieur du Brésil. (BC Centre for Disease Control, 2021)
  • 5 avril 2021 : La régie de la santé publique de l’Alberta signale une éclosion du variant P.1 dans trois lieux de travail importants. Les foyers sont mis sur le compte d’une personne qui a récemment effectué un voyage à l’extérieur de la province. (Junker, 2021; Woo & Hunter, 2021)
  • 3 mars 2021 : Dans une étude prépublication effectuée par le CADDE (Centre for Arbovirus Discovery, Diagnosis, Genomics and Epidemiology), des chercheurs estiment que le variant P.1 serait de 1,4 à 2,2 fois plus transmissible que les autres variants. Les chercheurs ont aussi découvert que le variant P.1 échappe dans une proportion de 25 à 61 % à l’immunité protectrice obtenue après un contact avec un virus autre que le variant P.1. (N. R. Faria, Mellan, et al., 2021)
  • 17 janvier 2021 : Première confirmation d’une réinfection par le variant P.1 chez une femme de 29 ans sans antécédents d’immunosuppression. (Naveca et al., 2021)

Gravité de la maladie

Aucune donnée (2021-03-08)

Mutations importantes

  • Trois mutations dans le domaine de liaison au récepteur (RBD) de la protéine de spicule : N501Y, K417T et E484K. Ce sont 3 délétions et 17 modifications uniques de la séquence des acides aminés. (CDC, 2020)

Autre nom : B.1.1.248

Manifestation initiale : Octobre 2020 (Organisation mondiale de la santé, 2021)

Lieu d’origine : Inde

Impact sur l’efficacité des vaccins

  • 6 septembre 2021 : Comparativement à la souche originale de mars 2020, le variant Delta est 9 fois moins sensible à la neutralisation par des sérums de personnes ayant reçu le vaccin AstraZeneca, et 8,4 fois moins sensible à la neutralisation par des sérums de personnes ayant reçu le vaccin Pfizer. (Mlcochova et al., 2021)
  • 7 juillet 2021 : Même vaccinées, les personnes infectées par le Delta peuvent présenter des charges virales dans le nez et la bouche aussi élevées que les personnes non vaccinées. Toutefois, l’efficacité du vaccin est toujours efficace à 85 % contre la maladie grave causée par le variant delta. (Mcmorrow, 2021)
  • 26 juin 2021 : Le National Microbiology Lab confirme la présence de 2 cas du variant delta en Nouvelle-Écosse. (Cooke, 2021; Gouvernement de la Nouvelle-Écosse, 2021c)
  • 14 juin 2021 : Les autorités de la santé publique en Angleterre indiquent qu’une dose et deux doses du vaccin Pfizer réduisent, respectivement à 94 % et à 96 %, les risques d’hospitalisation attribuables au variant delta. Par ailleurs, des études révèlent qu’une dose et deux doses du vaccin AstraZeneca protègent respectivement à 71 % et à 92 % contre le risque d’hospitalisation attribuable au variant delta. (Stowe et al., 2021)
  • 7 juin 2021 : Les sérums des personnes ayant eu la COVID 19 et ceux des personnes ayant reçu les deux doses du vaccin COVAXX ont pu neutraliser les variants Beta et delta. Toutefois, les titres d’anticorps neutralisants sont réduits contre le variant delta dans les sérums des personnes ayant eu la COVID 19 (4,6 fois) et des personnes vaccinées (2,7 fois). (Yadav, Sapkal, Ella, et al., 2021)
  • 5 juin 2021 : Selon une étude non publiée, une dose du vaccin Pfizer ou Moderna peut conférer une grande protection contre les variants P.1 (61 %) et B.1.1.7 (67 %) chez les personnes de 70 ans et plus de la Colombie-Britannique à partir de 21 jours après la vaccination. (Skowronski et al., 2021)
  • 3 juin 2021 : Les sérums des personnes ayant reçu deux doses du vaccin Pfizer ont pu neutraliser les trois variants, bien qu’à des niveaux réduits comparativement à la souche de type sauvage : B.1.17 ( 2,6 fois), B.1.617.2 (-5,8 fois) et B.1.351 (-4,9 fois). À l’inverse, une dose du vaccin Pfizer a été associée à des titres d’anticorps neutralisants contre les variants susmentionnés à des niveaux statistiquement importants comparativement à la souche de type sauvage. (Wall et at., 2021)
  • 24 mai 2021 : Une étude réalisée par les autorités de la santé publique britannique révèle qu’une dose du vaccin AstraZeneca ou Pfizer était environ 20 % moins efficace pour empêcher les affections symptomatiques dues au variant delta (33,5 %) qu’au variant Alpha (51,1 %). Heureusement, l’efficacité des vaccins contre le variant delta est beaucoup plus élevée après la deuxième dose du vaccin AstraZeneca (60 %) ou Pfizer (88%). (Lopez Bernal et al., 2021)
  • 20 mai 2021 : BioNTech publie un communiqué indiquant que son vaccin Pfizer devrait offrir une protection de 70 à 75 % contre le variant B.1.617. (Toksabay & Reuters, 2021)
  • 23 avril 2021 : Dans une étude prépublication, des chercheurs montrent que le Covaxin, un candidat-vaccin en Inde, pouvait neutraliser le variant B.1.617. (Yadav, Sapkal, Abraham, et al., 2021)

Impact sur la transmission

  • 7 juillet 2021 : La charge virale du variant delta lors du stade précoce de l’infection serait environ 1000 fois plus élevée que celle de la souche SRAS-COV-2 originale de 2020, ce qui signifie que le virus a un taux de réplication virale plus important et une infectiosité accrue. (Li et al., 2021)
  • 21 juin 2021 : Une étude prépublication révèle que le taux de progression du variant delta est plus élevé que les autres variants présents aux États-Unis. (Bolze et al., 2021)
  • 11 juin 2021 : Les autorités de santé publique du Royaume-Uni indiquent que le Delta est le variant dominant au pays. (Public Health England, 2021b)
  • 4 juin 2021 : Le professeur et épidémiologiste en chef du R. U., Neil Ferguson, de l’Imperial College London, estime que le variant delta est 60 % plus transmissible que le variant Alpha. (Cecil, 2021; Le Page et al., 2021)

Arrivée au Canada

  • 11 juin 2021 : La Nouvelle-Écosse signale la présence de deux cas du variant delta (B.1.617). Les deux cas sont liés à un voyage. (Gouvernement de la Nouvelle-Écosse, 2021b)
  • 19 mai 2021 : Le Manitoba confirme la présence de 18 cas du variant B.1.617. Certains de ces cas ont été repérés à la fin d’avril. (Gibson, 2021c; Rosen, 2021)
  • 14 mai 2021 : La Saskatchewan confirme la présence d’un premier cas du variant B.1.617. (Ellis, 2021c)
  • 28 avril 2021 : Terre-Neuve-et-Labrador confirme la présence d’un premier cas du variant B.1.617. (La Presse canadienne, 2021a)
  • 4 mai 2021 : L’Île-du-Prince-Édouard confirme la présence de deux premiers cas du variant B.1.617. (Long, 2021)
  • 26 avril 2021 : Le Nouveau-Brunswick signale la présence d’un premier cas du variant B.1.617 dans la région de Fredericton, Zone 3. (MacKinnon & Fraser, 2021)
  • 23 avril 2021 : L’Ontario confirme la présence de 36 cas du variant B.1.617. (Aguilar, 2021; Patton & Westoll, 2021)
  • 22 avril 2021 : L’Alberta confirme la présence d’un premier cas du variant B.1.617 chez une personne qui a été en voyage dans une autre province. (Radio-Canada, 2021a, 2021c)
  • 21 avril 2021 : Le Québec confirme la présence du premier cas dans la province du variant B.1.617 dans la région de la Mauricie et du Centre-du-Québec. (Bruemmer, 2021; Laframboise, 2021b)
  • 21 avril 2021 : La Colombie-Britannique confirme la présence de 39 cas du variant B.1.617 qui ont été détectés depuis le 4 avril. (Little, 2021b)

Risque pour les Canadiens

  • 28 août 2021 : Une éclosion de 23 cas en lien avec le variant Delta est confirmée par le George M. Guimond Care Centre, une maison de santé des Premières Nations du Manitoba. (Unger, 2021b)
  • 27 août 2021 : Selon une étude réalisée en Angleterre sur 43 338 patients positifs à la COVID 19, les personnes infectées par le variant Delta sont deux fois plus susceptibles d’être hospitalisées que celles qui le sont par le variant Alpha. (Twohig et al., 2021)
  • 24 août 2021 : L’Agence coréenne pour le contrôle et la prévention des maladies (KDCA) révèle que la charge virale des personnes infectées par le variant Delta est 300 fois supérieure à celle des cas infectés par la souche originale SRAS-CoV-2 2020.
  • 23 août 2021 : Parmi 829 patients infectés par l’un des trois variants du SRAS-CoV-2 (Alpha, Beta et Delta), les personnes contaminées par le variant Delta courent un plus grand risque d’avoir besoin d’oxygène, d’être admises aux soins intensifs ou de mourir (rapport des cotes ajusté : 4,90 [1,43-30,78). (Ong et al., 2021)
  • 11 août 2021 : Une étude prépublication révèle que la charge virale détectée à la suite d’un prélèvement nasal chez une personne vaccinée peut être aussi élevée que chez une personne non vaccinée. Ce résultat laisse supposer que les personnes vaccinées peuvent encore contribuer à la transmission communautaire du virus et (ou) être infectées. (Riemersma et al., 2021)
  • 11 août 2021 : Selon des données publiées par le gouvernement du Canada, environ 90 % des cas de COVID 19 sont, depuis le début de la campagne de vaccination (24 juillet 2021), attribuables principalement à des personnes non vaccinées. (Agence de la santé publique du Canada, 2021b)
  • 7 août 2021 : Sur les 26 éclosions actives en Saskatchewan, on confirme que 3 de ces éclosions sont en lien avec le variant Delta. On a indiqué que ces éclosions concernent un rassemblement privé, une école et une éclosion communautaire. (Djuric, 2021)
  • 6 août 2021 : Après plusieurs grands rassemblements publics dans une ville balnéaire du Massachusetts, le CDC signale une éclosion de 469 cas de COVID 19, parmi lesquels 74 % (346) sont des personnes entièrement vaccinées (c. à d. qu’elles ont reçu 2 doses de Pfizer ou Moderna, ou 1 dose de Johnson & Johnson). Parmi les personnes chez qui on a détecté une infection postvaccinale, 79 % (274) étaient symptomatiques. (C. M. Brown et al., 2021)
  • 4 août 2021 : Selon une analyse rétrospective des cas d’infection en Ontario entre le 7 février et le 27 juin 2021 (n=212 332), les patients infectés par le variant Delta courent plus de risque d’être hospitalisés, d’être admis aux soins intensifs et de mourir que ceux qui le sont par un variant autre qu’un variant préoccupant. (Fisman & Tuite, 2021)
  • 1er août 2021 : Une étude prépublication indique que le variant delta peut infecter les personnes vaccinées à un taux environ trois fois supérieur à celui des autres variants de la COVID 19 (17,4 % par rapport à 5,8 %). (Musser et al., 2021)
  • 29 juillet 2021 : Selon le CDC, le taux de reproduction de base (Ro) du variant delta est de 5 9, ce qui signifie que ce variant pourrait être plus transmissible que d’autres virus comme Ebola, la variole, la grippe espagnole, le MERS et le SRAS. Le variant delta est aussi associé à de plus longues périodes d’infectivité comparativement à des anciens variants. (Mcmorrow, 2021)
  • 20 juillet 2021 : Selon le Dr Anthony Fauci, spécialiste des maladies infectieuses, plus de 80 % des cas de COVID 19 aux États-Unis sont attribuables au variant delta. (O’donnell & Roy, 2021)
  • 26 juin 2021 : Les cas d’infection par le variant Delta sont plus nombreux chez les jeunes et ils ont deux fois plus de risque d’être hospitalisés que ceux qui sont contaminés par le variant Alpha. (Sheikh, McMenamin, Taylor & Robertson, 2021)
  • 18 juin 2021 : L’Agence de la santé publique du Canada confirme la présence de plus de 2000 cas du variant delta au pays. L’administratrice en chef de la santé publique du Canada, la Dre Theresa Tam, fait part de ses préoccupations concernant la propagation rapide du variant dans l’ensemble des provinces. (Rabson, 2021)
  • 17 juin 2021 : Une étude prépublication révèle que le nombre de cas de COVID 19 chez les enfants de 5 à 12 ans est 5 fois plus élevé que chez les adultes (de 18 à 24 ans) au R. U. Les auteurs supposent que cette augmentation rapide du nombre d’enfants infectés favorise probablement la croissance du nombre de cas delta au R. U. (Riley et al., 2021)
  • 16 juin 2021 : L’éclosion du variant delta au Foothill Medical Centre de Calgary est à l’origine de deux décès : un patient qui avait reçu deux doses de vaccin et une autre personne qui n’avait pas été vaccinée. (Short, 2021)
  • 12 juin 2021 : Le Foothill Medical Centre de Calgary signale une éclosion du variant delta chez 16 patients et 6 travailleurs de la santé qui ont obtenu un résultat positif au test de dépistage du variant delta, malgré le fait qu’ils avaient reçu un vaccin à ARNm : 6 patients et 5 travailleurs de la santé (2 doses); 7 patients et 1 travailleur de la santé (1 dose). (Radio-Canada, 2021d)
  • 27 mai 2021 : Santé publique Ontario signale que le nombre de cas delta est passé de 45 à 260 entre le 12 et le 19 mai, soit une augmentation de près de 6 fois en une semaine. (Herhalt, 2021)
  • 26 mai 2021 : La santé publique de Terre-Neuve-et-Labrador indique que le variant delta cause des éclosions de COVID 19 jusque dans le centre de la province. (Moore, 2021a; Personnel de la Presse canadienne, 2021)
  • 10 mai 2021 : Une étude prépublication indique que le variant B.1.617 est 6,8 fois plus résistant à la neutralisation des sérums que la souche de Wuhan chez les patients convalescents et les personnes ayant reçu les vaccins Pfizer et Moderna. Toutefois, les sérums de toutes les personnes vaccinées et les sérums de la majorité des patients convalescents ont continué de neutraliser efficacement le variant.(Venkata-Viswanadh Edara et al., 2021)
  • 10 mai 2021 : L’Organisation mondiale de la santé déclare que le B.1.617 est un variant préoccupant au niveau mondial. (Reuters, 2021)
  • 22 avril 2021 : Pour lutter contre la propagation du variant B.1.617, le gouvernement canadien suspend tous les vols en provenance de l’Inde et du Pakistan pendant 30 jours. (Cochrane & Jones Patrick, 2021; Gilmore & Connolly, 2021; Hunter, 2021)
  • 21 avril 2021 : Des chercheurs avancent l’hypothèque que le variant B.1.617 pourrait amener l’Inde à être submergée par une deuxième vague de cas de COVID 19. (Mallapaty, 2021)
  • 16 avril 2021 : Le Royaume-Uni signale la présence de 77 cas du variant B.1.617. (Public Health England, 2021a)
  • 15 avril 2021 : L’Inde indique que 60 % des 361 cas de COVID 19 survenus entre janvier et mars sont attribuables au variant B.1.617. (Press Trust of India, 2021)
  • 24 mars 2021 : Des chercheurs de l’Inde ont caractérisé le variant B.1.617 et découvert la présence de deux mutations qui avaient été identifiées dans d’anciens variants : E484Q (B.1.1.7, B.1.351) et L452R (B.1.427/B.1.429). On croit que ce variant présente une infectivité accrue et une plus grande capacité d’échappement immunitaire. (Press Information Bureau Delhi, 2021)
  • 28 juillet 2021 : Des données publiées par Pfizer laissent entendre qu’une troisième dose du vaccin Pfizer/BioNTech contre la COVID 19 pourrait multiplier au moins par cinq les titres d’anticorps neutralisants contre le variant delta. (Stevo, 2021)
  • 24 février 2021 : Moderna annonce avoir expédié des doses de son candidat vaccin spécifique au variant B.1.351 aux National Institutes of Health (NIH) pour une étude clinique de phase 1. (Moderna, 2021a)
  • 27 février 2020 : L’Agence américaine des médicaments (FDA) accorde une autorisation en urgence au vaccin de Johnson & Johnson. (Communiqué de la FDA, 2021)
  • 19 février 2021 : Pfizer présente ses données sur la stabilité des vaccins à l’Agence américaine des médicaments (FDA) et révèle que son vaccin, le vaccin BNT162b2, peut être stocké à des températures comprises entre -25 et -15 °C. L’étiquette sur les flacons indique que le vaccin doit être stocké à une température comprise entre -80 et -60 °C. Les nouvelles conditions de stockage sont actuellement en attente d’approbation de la FDA. (Pfizer, 2021; Reuters Staff, 2021)
  • 10 février 2021 : L’Afrique du Sud échange son candidat vaccin original, AstraZeneca, au profit de celui de Johnson & Johnson, vaccin qui n’a pas encore été approuvé par l’Agence américaine des médicaments et l’organisme de réglementation de l’Afrique du Sud. Le gouvernement sud-africain a l’intention d’administrer le vaccin Johnson & Johnson à ses travailleurs de la santé de première ligne la semaine prochaine. (Meldrum, 2021; Meyer, 2021)
  • 7 février 2021 : L’Afrique du Sud suspend son programme de vaccination avec des vaccins mis au point par AstraZeneca en raison de son efficacité limitée contre le variant B.1.351. (Mueller, Robbins, & Chutel, 2021)
  • 7 février 2021 : AstraZeneca développe la deuxième génération de vaccin qui sera efficace contre le variant B.1.351. Il s’agit d’une réponse aux derniers essais cliniques réalisés en Afrique du Sud et au cours desquels des chercheurs ont jugé que le vaccin AstraZeneca était peu efficace contre le variant B.1.351. (Wits University, 2021)
  • 4 février 2021 : Johnson & Johnson cherche à obtenir une autorisation d’utilisation d’urgence (EUA) de l’Agence américaine des médicaments (FDA) pour son vaccin à injection unique, Janssen. (Johnson & Johnson, 2021b)
  • 25 janvier 2021 : Moderna Inc. envisage d’étudier l’impact qu’aurait un booster, soit une dose de rappel supplémentaire, de son vaccin sur le niveau de titres d’anticorps neutralisants contre le variant B.1.351. De plus, la société travaille à la mise au point d’un vaccin booster (de rappel), le vaccin ARNm 1273.351, qui ciblerait le variant B.1.351. (Moderna, 2021b; Wu et al., 2021)

Événements clés

  • 6 août 2021 : Chez les personnes qui ont été infectées par le SRAS-COV-2 en 2020, des chercheurs ont découvert que le risque de réinfection était 2,34 fois plus élevé chez les personnes non vaccinées que chez celles qui étaient vaccinées. (Cavanaugh, Spicer, Thoroughman, Glick, & Winter, 2021)
  • 24 mars 2021 : Des données publiées par l’Agence de la santé publique du Canada (ASPC) indiquent une augmentation des cas de COVID 19 chez les jeunes adultes de 20 à 39 ans. On prévoit une flambée de cas quotidiens de COVID 19 qui se traduira par de nouveaux records. (Agence de la santé publique du Canada, 2021a)
  • 27 février 2020 : L’Agence américaine des médicaments (FDA) accorde une autorisation en urgence au vaccin de Johnson & Johnson. (Communiqué de la FDA, 2021)
  • 19 février 2021 : L’Agence de la santé publique du Canada (ASPC) publie une modélisation qui prévoit une résurgence importante de cas de COVID 19 si des mesures de santé publiques rigoureuses ne sont pas établies lorsque les programmes de vaccination prendront de l’expansion. (Agence de la santé publique du Canada, 2020)10 février 2021 : L’Afrique du Sud échange son candidat vaccin original, AstraZeneca, au profit de celui de Johnson & Johnson, vaccin qui n’a pas encore été approuvé par l’Agence américaine des médicaments et l’organisme de réglementation de l’Afrique du Sud. Le gouvernement sud-africain a l’intention d’administrer le vaccin Johnson & Johnson à ses travailleurs de la santé de première ligne la semaine prochaine. (Meldrum, 2021; Meyer, 2021)
  • 8 février 2021 : L’Ontario confirme la présence du premier cas au Canada du variant P.1 à Toronto, en Ontario. Le cas fait suite à un voyage effectué au Brésil. (Favaro et al., 2021)
  • 7 février 2021 : AstraZeneca développe la deuxième génération de vaccin qui est efficace contre le variant B.1.351. Il s’agit d’une réponse aux derniers essais cliniques réalisés en Afrique du Sud et au cours desquels des chercheurs ont jugé que le vaccin AstraZeneca était peu efficace contre le variant B.1.351. (Wits University, 2021)
  • 7 février 2021 : L’Afrique du Sud suspend son programme de vaccination avec des vaccins développés par AstraZeneca en raison de son efficacité limitée contre le variant B.1.351. (Mueller et al., 2021)
  • 27 janvier 2021 : Des chercheurs affirment que le variant P.1 est la souche dominante du SRAS-CoV-2 à Manaus, au Brésil. (France24, 2021; Medical Xpress, 2021)
  • 25 janvier 2021 : Moderna Inc. envisage d’étudier l’impact qu’aurait un booster, soit une dose de rappel supplémentaire, de son vaccin sur le niveau de titres d’anticorps neutralisants contre le variant B.1.351. De plus, la société travaille à la mise au point d’un vaccin booster (de rappel), le vaccin ARNm 1273.351, qui ciblerait le variant B.1.351. (Moderna, 2021b; Wu et al., 2021)
  • 8 janvier 2021 : L’Alberta confirme la présence du premier cas au Canada du variant B.1.351. (Heidenreich & Ramsay, 2021)
  • 26 décembre 2020 : L’Ontario confirme la présence des premiers cas au Canada du variant B.1.1.7 chez deux personnes de Toronto (Aziz, 2020; Jabakhanji, 2020; Rocca, 2020)
  • Décembre 2020 : Apparition du variant P.1 au Brésil.
  • Octobre 2020 : Apparition du variant B.1.351 en Afrique du Sud.
  • Septembre 2020 : Apparition du variant B.1.1.7 au Royaume-Uni.

Alors que le SRAS-CoV-2 continue d’évoluer, plusieurs variants sont actuellement sous investigation :

Variant sous investigation : B.1.427/B.1.429 | Epsilon

Lieu d’origine : Californie du Sud, É.-U.

Manifestation initiale : Juillet 2020

Développements récents

  • 9 mars 2021 : Une étude prépublication révèle une réduction des titres d’anticorps neutralisants contre le variant B.1.427/B.1.429 chez les personnes vaccinées et les patients convalescents. Des chercheurs prévoient une augmentation de 18 à 24 % de la transmissibilité comparativement à la souche de type sauvage. (Deng et al., 2021)
  • 11 février 2021 : La présence d’un premier cas du variant B.1.429 est confirmée dans le comté de Los Angeles en juillet 2020. Le variant B.1.429 n’a pas été détecté avant octobre 2020. (Zhang et al., 2021)

Variant sous investigation: B.1.525 | Eta

Lieu d’origine : Nigéria

Manifestation initiale : Décembre 2020

Développements récents

  • 11 mars 2021 : Le variant B.1.525 présente des mutations qui se retrouvent également dans d’autres variants du SRAS-CoV-2, dont les variants B.1.1.7, B.1.351 et P.1. (Santé publique d’Angleterre, 2021)
  • 20 février 2021 : Depuis son apparition au Nigéria, le variant a été détecté dans 26 pays. (Banchich et O’Toole, 2021)
  • 12 février 2021 : Le Canada confirme la présence d’un premier cas du variant B.1.525 en Colombie-Britannique. (Mangione, 2021)

Variant sous investigation : B.1.526 | Iota

Lieu d’origine: New York, É.-U.

Manifestation initiale : Novembre 2020

Développements récents

  • 1er mars 2021 : Dans une étude prépublication, on a découvert que le variant B.1.526 portait des mutations semblables à celles des variants B.1.351 et P.1 (c. à d. E484K). Le variant B.1.526 présente une mutation unique, appelée D235G, qui est située dans la protéine de spicule. Cette mutation pourrait contribuer à réduire l’efficacité des anticorps neutralisants.

Variant sous investigation : B.1.617.1 | Kappa

Lieu d’origine: Inde

Manifestation initiale : Octobre 2020

Développements récents

  • 28 juillet 2021 : Dans un document prépublication, des chercheurs au Japon ont identifié plusieurs mutations du variant lambda qui ont été associées à une forte infectivité virale et à une résistance élevée à la neutralisation induite par le vaccin. (Kimura et al., 2021)
  • 3 juillet 2021 : La protéine de spicule du virus lambda est associée à une infectivité plus élevée comparativement à la souche de type sauvage de 2020. Cependant, le virus reste très vulnérable à la neutralisation induite par les vaccins. (Tada et al., 2021)

Variant sous investigation : B.1.621 | Mu

Lieu d’origine: Colombie

Manifestation initiale : Janvier 2021

Développements récents

  • 30 août 2021 : L’Organisation mondiale de la santé classe le variant Mu comme « variant à suivre ». (Elliott, 2021)
  • 31 août 2021 : Un rapport publié par l’Organisation mondiale de la santé indique que le variant Mu est présent dans 39 pays. (Organisation mondiale de la santé, 2021)

NextStrain

Cette phylogénie montre les relations évolutives des virus du SRAS-CoV-2 responsables de la pandémie de COVID 19. Bien que les relations évolutives des virus sélectionnés soient parfaitement claires, les estimations de certaines dates de transmission ainsi que la reconstitution de l’étendue géographique de l’épidémie demeurent très incertaines. Sachez que certains modèles de transmission géographique présumés et certaines estimations temporelles ne sont que des hypothèses.

GSAID

GSAID a obtenu des données sur le séquençage du virus de la COVID 19 auprès de plusieurs sources en Arabie saoudite (CDC, hôpitaux) et à l’échelle internationale. Les chercheurs traitent les isolats du génome pour d’abord obtenir une empreinte des mutations apparaissant chez les populations ciblées provenant d’endroits différents, et ensuite de comprendre les variants du virus de la COVID 19 et leur parcours d’infection.

Un autre outil de suivi des variants de la COVID-19 GSAID montre la fréquence relative du génome des variants par région.

https://www.cdc.gov/mmwr/volumes/70/wr/mm7003e2.htm?s_cid=mm7003e2_e

https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/more/science-and-research/scientific-brief-emerging-variants.html

https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/cases-updates/variant-surveillance/variant-info.html

https://cov-lineages.org/global_report.html

https://www.nytimes.com/interactive/2021/health/coronavirus-variant-tracker.html

https://covariants.org/