Les variants préoccupants de la COVID 19 au Canada

Le SRAS-CoV-2, qui est à l’origine de la COVID-19, appartient à la famille des coronavirus. Les coronavirus tirent leur nom du latin corona, qui signifie « couronne » puisqu’il se forme à leur surface des protéines de spicule qui leur donnent l’apparence d’une couronne. La protéine de spicule comprend trois domaines : une courte queue cytoplasmique, un domaine transmembranaire et un ectodomaine. L’ectodomaine est sans doute la structure la plus importante du virus puisqu’il contribue à faciliter l’entrée du SRAS-CoV-2 dans les cellules de l’hôte. L’ectodomaine est composé de deux sous-unités, S1 et S2. Pour infecter les cellules de l’hôte, le SRAS-CoV-2 utilise la sous-unité S1 pour s’attacher à l’enzyme de conversion de l’angiotensine 2 (ECA2), qui est la porte d’entrée de l’hôte. Une fois fixé, le SRAS-CoV-2 utilise la sous-unité S2 pour fusionner son enveloppe virale avec la membrane externe de la cellule et ainsi pénétrer dans la cellule de l’hôte.

Les virus, y compris le SRAS-CoV-2, peuvent subir des modifications à la suite de mutations génétiques et produire ainsi de nouveaux variants. Parmi les nouveaux variants qui apparaissent, ceux qui se perpétueront sont ceux dont les mutations améliorent la virulence et (ou) la transmissibilité. Il est donc très préoccupant de voir qu’en poursuivant son évolution génétique, le SRAS-CoV-2 pourrait acquérir des mutations qui se retrouveront dans la protéine de spicule et augmenteront la transmissibilité du virus et (ou) diminueront la capacité du système immunitaire à détecter sa présence.

Au 24 mars 2021, trois variants préoccupants du SRAS-CoV-2 avaient fait leur apparition et se transmettaient partout dans le monde. Un variant devient préoccupant lorsqu’il est associé à une augmentation de l’infectivité et (ou) de la transmissibilité.

Adopté par le gouvernement du Canada
Mis à jour le 24 mars 2021
Rédigé et maintenu par Toby Le

Autre nom 202012/01

Lieu d’origine: R.-U.

Manifestation initiale : Septembre 2020

Impact sur l’efficacité des vaccins

  • 9 mars 2021 : Une étude publiée par le New England Journal of Medicine révèle que le vaccin Pfizer, le vaccin BNT162b2, a un niveau d’efficacité aussi élevé pour neutraliser le variant P.1 que le variant B.1.1.7. Le vaccin s’est aussi révélé efficace contre le variant B.1.351, mais dans une moindre mesure (Liu et al., 2021).
  • 28 janvier 2021 : Novavax annonce les résultats de ses essais cliniques de la phase 3 réalisés au Royaume-Uni et indique que son vaccin, le vaccin NVX-CoV2373, est efficace à 89,3 % contre le SRAS-CoV-2 (Novavax, 2021b). Environ la moitié des cas symptomatiques confirmés par un test PCR et provenant du groupe placebo, qui n’avaient donc pas reçu le vaccin, ont été infectés par le variant B.1.1.7. Ces résultats suggèrent par conséquent que le vaccin NVX-CoV2373 peut quand même offrir une protection contre le variant B.1.1.7.
  • 25 janvier 2021 : Moderna Inc. annonce que son vaccin, le vaccin ARNm-1273, est capable d’induire la production d’anticorps neutralisants contre le variant B.1.1.7 à des niveaux similaires à ceux des anciens variants (Moderna, 2021b; Wu et al., 2021).
  • 19 janvier 2021 : Des chercheurs de Pfizer et BioNtech ont développé un pseudovirus à l’aide d’une mutation du variant B.1.1.7, le variant N501Y. La société a mis le vaccin à l’essai, le vaccin BNT162b2, contre le pseudovirus et a découvert que son efficacité reste constante (Muik et al., 2021).

Impact sur la transmission

  • 7 janvier 2021 : Une étude examinée par des pairs révèle une augmentation de 75 % de la transmissibilité du variant B.1.1.7 par rapport à la souche originelle. (Leung, Shum, Leung, Lam et Wu, 2021)
  • 18 décembre 2021 : Le NERVTAG, groupe qui conseille le gouvernement britannique sur les virus respiratoires, publie un rapport qui indique que le variant B.1.1.7 présente un taux de transmission plus élevé que les souches du SRAS-CoV-2 précédentes (Hayward, Shen Lim Julian Hiscox et Edmunds, 2020). Trois mois après son apparition (en septembre), le variant B.1.1.7 est devenu la souche prédominante en circulation au R. U. (Ecdc, 2021)

Arrivée au Canada

  • 13 février 2021 : L’Île-du-Prince-Édouard confirme la présence d’un premier cas du variant B.1.1.7, qui est lié à un voyage international. La personne en question est âgée de la vingtaine et n’a pas eu de contacts étroits depuis son retour au Canada. (MacLeod, 2021; Press, 2021)
  • 12 février 2021 : Les autorités médicales de Terre-Neuve-et-Labrador signalent une éclosion du variant B.1.1.7 dans la région métropolitaine de St. John’s. Des tests préliminaires effectués sur 19 échantillons qui ont été acheminés par le gouvernement de la province révèlent la présence du variant B.1.1.7 dans tous les échantillons. (Quon, 2021)
  • 9 février 2021 : Le Manitoba confirme la présence d’un premier cas du variant B.1.1.7 dans un échantillon qui a été prélevé le 22 janvier 2021. Le cas fait suite à un voyage international. D’autres rapports révèlent que la personne infectée a été en contact avec 5 autres personnes qui, à ce jour, ont toutes obtenu un résultat négatif aux tests de dépistage de la COVID 19. (Bergen, 2021; Billeck, 2021)
  • 2 février 2021 : Les trois premiers cas du variant B.1.1.7 sont confirmés au Nouveau-Brunswick, deux dans la région de St. John et un dans la région de Miramichi. Deux des cas sont liés à un voyage international, tandis que le troisième fait suite à un voyage à l’intérieur du Canada. (L. Brown & Horne Van, 2021)
  • 2 février 2021 : La Saskatchewan confirme la présence des deux premiers cas positifs du variant B.1.1.7 chez deux résidents de Régina. (Saskatchewan, 2021; Sciarpelletti, 2020) Deux jours plus tard, les autorités de la province confirment la présence d’un premier cas du variant B.1.1.7 à Saskatoon. (Gouvernement de la Saskatchewan, 2021)
  • 22 janvier 2021 : La Nouvelle-Écosse confirme la présence des deux premiers cas de variants de la COVID 19, les variants B.1.1.7 et B.1.351. Les deux cas sont liés à des voyages effectués à l’extérieur du Canada et aucun n’a causé de transmission communautaire. (Farnell, 2021; Gouvernement de la Nouvelle-Écosse, 2021)
  • 29 décembre 2020 : Le Québec confirme la présence d’un premier cas du variant B.1.1.7 chez une personne dont un membre de la famille est revenu au pays le 11 décembre après un séjour au R. U. Le voyageur avait alors obtenu un résultat positif de la COVID 19 le 13 décembre. La personne ayant voyagé a suivi les règles de quarantaine et est demeurée à la maison avec trois membres de sa famille immédiate. La présence du variant B.1.1.7 a par la suite été confirmée chez un membre de cette famille. D’autres tests ont révélé que les trois membres ont contracté la COVID 19. (Caruso-Moro, 2020; Cori-Manocchio, 2020; Magder, 2020; Québec, 2020)
  • 25 décembre 2020 : L’Alberta confirme la présence d’un premier cas positif du variant B.1.1.7 chez une personne qui a récemment été en voyage au Royaume-Uni. (Franson, 2020; Mertz, 2020)
  • 27 décembre 2020 : La Colombie-Britannique confirme la présence d’un premier cas positif du variant B.1.1.7 chez une personne qui est revenue du R. U le 15 décembre. (Uguen-Csenge et Kearney, 2020)
  • 26 décembre 2020 : L’Ontario confirme la présence des premiers cas au Canada du variant B.1.1.7 chez deux personnes de Toronto (Aziz, 2020; Jabakhanji, 2020; Rocca, 2020)

Risques pour les Canadiens :

  • 23 mars 2021 : L’administratrice en chef de la santé publique du Canada, la Dre Theresa Tam, signale que la hausse des cas de COVID 19 en raison du variant B.1.1.7 est actuellement plus élevée parmi les jeunes au Canada. (D’Amore, 2021)
  • 19 mars 2021 : La Dre Theresa Tam indique qu’il y a environ 4500 cas de variants de la COVID 19 au Canada, dont 90 % sont attribués au variant B.1.1.7. (Zuber, 2021)
  • 18 mars 2021 : Une étude prépublication signale un premier cas d’infection au variant B.1.1.7 chez des chats et des chiens domestiques. (Ferasin, Fritz, Ferasin, Legros et Leroy, 2021)
  • 16 mars 2021 : Le premier ministre du Québec, François Legault, prévient la population que le variant B.1.1.7 deviendra la souche dominante dans la province d’ici la fin d’avril. (Derfel, 2021)
  • 2 mars 2021 : La santé publique découvre un deuxième variant du SRAS-CoV-2 à la suite d’une éclosion aux appartements Skyline-Lancelot, à North Bay, en Ontario; deux cas positifs du variant B.1.1.7. (MacDonald, 2021c)
  • o 1er mars 2021 : On confirme qu’une troisième personne est décédée des suites de l’éclosion de variants de la COVID 19 aux appartements Skyline-Lancelot. (MacDonald, 2021b)
  • o 26 février 2021 : Le Bureau de santé du district de North Bay-Parry Sound confirme la présence de 42 cas positifs de COVID 19 à la suite de l’éclosion aux appartements Skyline-Lancelot. Parmi ces cas positifs, 12 sont des cas du variant B.1.351 de la COVID 19. (MacDonald, 2021a)
  • o 11 février 2021 : Une éclosion d’un variant de la COVID 19 est signalée aux appartement Skyline-Lancelot. Le Bureau de santé publique confirme la présence de 24 cas positifs de COVID 19. (Mullan, 2021)
  • 13 février 2021 : Dans une modélisation réalisée par l’épidémiologiste Caroline Colijn, la chercheuse montre que si l’on ne parvient pas à endiguer et à prévenir la transmission du variant B.1.1.7, on pourrait assister à une flambée des cas en mars, avec plus de 5000 cas par jour en Colombie-Britannique, en Ontario et en Saskatchewan. (Are & Colijn, 2021)
  • 12 février 2021 : Le gouvernement de Terre-Neuve-et-Labrador déclare qu’un variant est à l’origine de la flambée de cas positifs de SRAS-CoV-2 dans la région de St. John’s. Dans l’hypothèse où le variant B.1.1.7 serait responsable de la flambée de cas, la province est passée au niveau d’alerte 5. Des tests préliminaires effectués sur 19 échantillons qui ont été acheminés par le gouvernement de la province révèlent tous la présence du variant. (Quon, 2021)
  • 12 février 2021 : Selon une étude prépublication, le variant B.1.1.7 a eu le potentiel d’accélérer la transmission des infections par un facteur de 1,8 par semaine dans la région du Grand Toronto en janvier. (K. A. Brown et al., 2021)
  • 11 février 2021 : Des experts scientifiques prédisent que le variant B.1.1.7 deviendra éventuellement la souche dominante du SRAS-CoV-2 en Ontario. On croit que les cas du variant B.1.1.7 augmenteront à la fin de février. (Update on COVID-19 Projections Science Advisory and Modelling Consensus Tables, 2021)
  • 25 janvier 2021 : L’Alberta confirme la présence de son premier cas de variant B.1.1.7 qui ne serait pas lié à un voyage. Le ministre albertain de la Santé, Tyler Shandro, se dit préoccupé par le fait que le variant peut avoir commencé à circuler dans la communauté. (Antoneshyn, 2021)
  • 8 janvier 2021 : Une éclosion de COVID 19 est déclarée à la résidence Roberta Place, un établissement de soins de longue durée situé à Barrie, en Ontario.
  • o 2 janvier : Des tests préliminaires permettent de révéler que 6 cas positifs sont attribuables au variant B.1.1.7. On croit qu’au moins 21 membres du personnel de l’établissement et personnes ayant pénétré sur les lieux ont été infectés par ce variant.
  • o 26 janvier 2021 : L’Unité de santé du district de Simcoe Muskoka découvre plus de 100 cas du variant B.1.1.7 ayant un lien avec l’éclosion à la résidence Roberta Place. (Momney, 2021)
  • o 8 février 2021 : Des rapports révèlent que 129 résidents de la résidence Roberta Place sont positifs à la COVID 19, et que 69 sont décédés. (Goldfinger, 2021; Morris, 2021)
  • o 9 février 2021 : Il est confirmé que 65 cas de résidents atteints de la COVID-19 ont le variant B.1.1.7. On indique que 18 autres personnes ont obtenu un résultat positif au test de dépistage de la présence d’une mutation, et que les résultats devront être validés pour confirmer le variant. (CP24, 2021)
  • 12 décembre 2020 : La Santé publique de l’Angleterre publie un rapport qui montre que le variant B.1.1.7 peut échapper à la détection lors de tests PCR qui utilisent l’amplification du gène « S », aussi désigné comme la négativation de la détection du gène S (SGTF). (England, 2020; Galloway et al., 2021; Santé publique de l’Angleterre, 2021)

Gravité de la maladie

  • 15 mars 2021 : Une étude publiée dans la revue Nature estime que le taux de mortalité est plus élevé de 61 % chez les malades ayant contracté le variant B.1.1.7. (Davies et al., 2021)
  • 10 mars 2021 : Une étude publiée dans la revue BMJ estime que le variant B.1.1.7 est 64 % plus mortel que le coronavirus classique. (Challen et al., 2021)
  • 21 janvier 2021 : Le groupe NERVTAG publie un rapport qui laisse entendre que le variant B.1.1.7 est lié à un accroissement de 30 % du risque de décès comparativement aux souches précédentes. (Horby et al., 2021) Dans sa conclusion, le rapport fait également état de plusieurs limites, notamment la petite taille de l’échantillon.

Mutations importantes

  • N501Y : Mutation en 501e position dans le domaine de liaison au récepteur (RBD) de la protéine de spicule. Cette mutation comprend des substitutions des acides aminés, l’asparagine (N) ayant été remplacée par la tyrosine (Y).
  • P681H : Mutation au niveau du site de clivage de la protéine de spicule. (CDC, 2020).

Autre nom : B.1.1.248

Manifestation initiale : Décembre 2020

Lieu d’origine : Brésil

Impact sur l’efficacité des vaccins

  • 9 mars 2021 : Une étude publiée par le New England Journal of Medicine révèle que le vaccin Pfizer, le vaccin BNT162b2, a un niveau d’efficacité aussi élevé pour neutraliser le variant P.1 que le variant B.1.1.7. Le vaccin s’est aussi révélé efficace contre le variant B.1.351, mais dans une moindre mesure (Liu et al., 2021).
  • 25 janvier 2021 : Puisque le variant P.1 présente une mutation similaire à celle du variant B.1.1.7, les chercheurs prévoient que le vaccin Moderna sera aussi efficace contre les deux variants. (Pietsch et Mandavilli, 2021)

Impact sur la transmission

  • 27 janvier 2021 : Des chercheurs affirment que le variant P.1 est la souche dominante du SRAS-CoV-2 à Manaus, au Brésil. (France24, 2021)
  • 25 janvier 2021 : Le premier cas aux États-Unis du variant P.1 est recensé au Minnesota. (Health, 2021)
  • 12 janvier 2021 : Le Réseau génomique du CADDE (Center for Arbovirus Discovery, Diagnostics, Genomics, and Epidemiology) indique que 85 % des virus des échantillons génotypés provenant de Manaus, au Brésil, appartiennent au variant P.1. (N. R. Faria, Claro, et al., 2021)
  • 16-23 décembre : Des chercheurs découvrent que 13 des 31 tests RT-PCR (42 %) effectués à Manaus, au Brésil, se révèlent positifs au nouveau variant P1. Les données ont été rendues publiques le 12 janvier 2021. (N. Faria & et-al, 2021)

Arrivée au Canada

  • 14 mars 2021 : L’Alberta confirme la présence des deux premiers cas du variant P.1 dans la région de Calgary. (Babych, 2021; R-C, 2021b)
  • 10 mars 2021 : Le Québec confirme la présence d’un premier cas du variant P.1 à Montréal. (Laframboise, 2021; La Presse canadienne, 2021)
  • 8 février 2021 : L’Ontario confirme la présence du premier cas au Canada du variant P.1 à Toronto, en Ontario. Le cas fait suite à un voyage effectué au Brésil. (Favaro, St. Philip et Jones Mae, 2021)

Risque pour les Canadiens

  • 3 mars 2021 : Dans une étude prépublication effectuée par le CADDE (Centre for Arbovirus Discovery, Diagnosis, Genomics and Epidemiology), des chercheurs estiment que le variant P.1 serait de 1,4 à 2,2 fois plus transmissible que les autres variants. Les chercheurs ont aussi découvert que le variant P.1 échappe dans une proportion de 25 à 61 % à l’immunité protectrice obtenue après un contact avec un virus autre que le variant P.1. (N. R. Faria, Mellan, et al., 2021)
  • 17 janvier 2021 : Première confirmation d’une réinfection par le variant P.1 chez une femme de 29 ans sans antécédents d’immunosuppression. (Naveca et al., 2021)

Gravité de la maladie

Aucune donnée (2021-03-08)

Mutations importantes

  • Trois mutations dans le domaine de liaison au récepteur (RBD) de la protéine de spicule : N501Y, K417T et E484K. Ce sont 3 délétions et 17 modifications uniques de la séquence des acides aminés. (CDC, 2020)

Autre nom : 501Y.V2

Manifestation initiale : Octobre 2020

Lieu d’origine : Afrique du Sud

Impact sur l’efficacité des vaccins

  • 9 mars 2021 : Une étude publiée par le New England Journal of Medicine révèle que le vaccin Pfizer, le vaccin BNT162b2, a un niveau d’efficacité aussi élevé pour neutraliser le variant P.1 que le variant B.1.1.7. Le vaccin s’est aussi révélé efficace contre le variant B.1.351, mais dans une moindre mesure (Liu et al., 2021).
  • 7 février 2021 : AstraZeneca dévoile les résultats des essais du vaccin réalisés en Afrique du Sud, lesquels indiquent une efficacité limitée contre le variant B.1.351. (Wits University, 2021). L’étude est actuellement à l’étape de l’évaluation par des pairs.
  • 29 janvier 2021 : Johnson & Johnson, qui est la seule entreprise pharmaceutique à développer un vaccin à une seule injection, dévoile les résultats obtenus à la suite de la phase 3 de ses essais cliniques réalisés aux États-Unis, en Amérique latine et en Afrique du Sud. Une analyse des résultats révèle que le vaccin est efficace à 72 %, à 66 % et à 57 %, respectivement aux États-Unis, en Amérique latine et en Afrique du Sud. L’efficacité limitée du vaccin observée lors de l’essai clinique réalisé en Afrique du Sud est attribuée au variant B.1.351. (Johnson & Johnson, 2021a; Zimmer, Weiland et LaFraniere, 2021)
  • 28 janvier 2021 : Novavax communique les résultats périodiques obtenus à la suite de ses essais cliniques réalisés en Afrique du Sud et révèle que son vaccin a une efficacité limitée (de 40 à 60 %) contre le variant B.1.351. (Novavax, 2021b)
  • 25 janvier 2021 : Moderna Inc. a observé une réduction par six des titres d’anticorps neutralisants produits par son vaccin, le vaccin ARNm 1273, contre le variant B.1.351. Malgré une efficacité limitée, les niveaux des titres d’anticorps neutralisants restent au-dessus de ce qui est nécessaire pour assurer une protection contre le SRAS-CoV-2. (Moderna, 2021b; Wu et al., 2021) Moderna Inc. envisage d’étudier l’impact qu’aurait un booster, soit une dose de rappel supplémentaire, de son vaccin sur le niveau de titres d’anticorps neutralisants contre le variant B.1.351. De plus, la société travaille à la mise au point d’un vaccin booster (de rappel), le vaccin ARNm 1273.351, qui ciblerait le variant B.1.351. (Moderna, 2021b)

Impact sur la transmission

  • 28 janvier 2021 : Aux États-Unis, les deux premiers cas du variant B.1.351 sont recensés en Caroline du Sud. (Johnson & Achenbach, 2021; Liu et Stobbe, 2021)
  • 23 décembre 2020 : Le professeur Salim Abdool Karim, président du Comité consultatif ministériel sur la COVID 19, laisse entendre que le variant B.1.351 serait 50 % plus contagieux que les souches précédentes. (SABC, 2021)

Arrivée au Canada

  • 2 mars 2021 : Le Manitoba confirme la présence des deux premiers cas du variant B.1.351 à Winnipeg. (Gibson, 2021; Gouvernement du Manitoba, 2021)
  • 23 février 2021 : La Saskatchewan confirme la présence d’un premier cas du variant B.1.351 au centre-nord de la province. (Ellis, 2021)
  • 9 février 2021 : Le Québec confirme la présence des deux premiers cas du variant B.1.351 en Abitibi-Témiscamingue, dans l’ouest de la province. Les deux cas ne sont pas liés à des voyages internationaux. (Montpetit et Shingler, 2021; Ross, 2021; Simona Maratta, 2021)
  • 2 février 2021 : L’Ontario confirme la présence d’un premier cas du variant B.1.351 dans la région de Peel, au sud-est de la province. (Freeman, 2021)
  • 22 janvier 2021 : La Nouvelle-Écosse confirme la présence des deux premiers cas de variants de la COVID 19, les variants B.1.1.7 et B.1.351. Les deux cas sont liés à des voyages effectués à l’extérieur du Canada et aucun n’a causé de transmission communautaire. (Farnell, 2021)
  • 14 janvier 2021 : La Colombie-Britannique confirme la présence d’un premier cas du variant B.1.351. (Holliday, 2021; Little, 2021)
  • 8 janvier 2021 : L’Alberta confirme la présence du premier cas au Canada du variant B.1.351. (Heidenreich & Ramsay, 2021)

Risques pour les Canadiens

  • 2 mars 2021 : La santé publique découvre un deuxième variant du SRAS-CoV-2 à la suite d’une éclosion aux appartements Skyline-Lancelot, à North Bay, en Ontario; deux cas positifs du variant B.1.1.7. (MacDonald, 2021c)
  • o 1er mars 2021 : On confirme qu’une troisième personne est décédée des suites de l’éclosion de variants de la COVID 19 aux appartements Skyline-Lancelot. (MacDonald, 2021b)
  • o 26 février 2021 : Le Bureau de santé du district de North Bay-Parry Sound confirme la présence de 42 cas positifs de COVID 19 à la suite de l’éclosion aux appartements Skyline-Lancelot. Parmi ces cas positifs, 12 sont des cas du variant B.1.351 de la COVID 19. (MacDonald, 2021a)
  • o 11 février 2021 : Une éclosion d’un variant de la COVID 19 est signalé aux appartement Skyline-Lancelot. Le Bureau de santé publique confirme la présence de 24 cas positifs de COVID 19. (Mullan, 2021)
  • 9 février 2021 : Selon le Dr Horacio Arruda, directeur de la santé publique du Québec, il se peut que le variant B.1.351 soit responsable de deux éclosions de COVID 19 survenues en Abitibi-Témiscamingue en janvier 2021. D’après la Dre Omobola Sobanjo, médecin-conseil à la direction de la santé publique de l’Abitibi-Témiscamingue, les résultats préliminaires indiquent que jusqu’à 30 cas peuvent être liés directement aux deux premiers cas du variant B.1.351 recensés au Québec. (Montpetit & Shingler, 2021; Ross, 2021; Simona Maratta, 2021)
  • 28 janvier 2021 : Novavax Inc. publie les résultats de ses essais cliniques des phases 3 et 2b réalisés respectivement au Royaume-Uni et en Afrique du Sud. Dans leur analyse préliminaire, les chercheurs ont fourni des données qui laissaient entendre que des patients ayant déjà été infectés par la souche originale du SRAS-CoV-2 pouvaient être infectés de nouveau par la souche B.1.351. (Novavax, 2021b) Ces données ont ensuite été publiées dans le rapport suivant. (Novavax, 2021a)

Gravité de la maladie

Aucune donnée (2021-02-14)

Mutations importantes

  • Acquisition de plusieurs mutations dans les protéines de spicule : N501Y, E484K, K417N, D614G et A701V. (CDC, 2020)
  • 24 février 2021 : Moderna annonce avoir expédié des doses de son candidat vaccin spécifique au variant B.1.351 aux National Institutes of Health (NIH) pour une étude clinique de phase 1. (Moderna, 2021a)
  • 27 février 2020 : L’Agence américaine des médicaments (FDA) accorde une autorisation en urgence au vaccin de Johnson & Johnson. (Communiqué de la FDA, 2021)
  • 19 février 2021 : Pfizer présente ses données sur la stabilité des vaccins à l’Agence américaine des médicaments (FDA) et révèle que son vaccin, le vaccin BNT162b2, peut être stocké à des températures comprises entre -25 et -15 °C. L’étiquette sur les flacons indique que le vaccin doit être stocké à une température comprise entre -80 et -60 °C. Les nouvelles conditions de stockage sont actuellement en attente d’approbation de la FDA. (Pfizer, 2021; Reuters Staff, 2021)
  • 10 février 2021 : L’Afrique du Sud échange son candidat vaccin original, AstraZeneca, au profit de celui de Johnson & Johnson, vaccin qui n’a pas encore été approuvé par l’Agence américaine des médicaments et l’organisme de réglementation de l’Afrique du Sud. Le gouvernement sud-africain a l’intention d’administrer le vaccin Johnson & Johnson à ses travailleurs de la santé de première ligne la semaine prochaine. (Meldrum, 2021; Meyer, 2021)
  • 7 février 2021 : L’Afrique du Sud suspend son programme de vaccination avec des vaccins mis au point par AstraZeneca en raison de son efficacité limitée contre le variant B.1.351. (Mueller, Robbins, & Chutel, 2021)
  • 7 février 2021 : AstraZeneca développe la deuxième génération de vaccin qui sera efficace contre le variant B.1.351. Il s’agit d’une réponse aux derniers essais cliniques réalisés en Afrique du Sud et au cours desquels des chercheurs ont jugé que le vaccin AstraZeneca était peu efficace contre le variant B.1.351. (Wits University, 2021)
  • 4 février 2021 : Johnson & Johnson cherche à obtenir une autorisation d’utilisation d’urgence (EUA) de l’Agence américaine des médicaments (FDA) pour son vaccin à injection unique, Janssen. (Johnson & Johnson, 2021b)
  • 25 janvier 2021 : Moderna Inc. envisage d’étudier l’impact qu’aurait un booster, soit une dose de rappel supplémentaire, de son vaccin sur le niveau de titres d’anticorps neutralisants contre le variant B.1.351. De plus, la société travaille à la mise au point d’un vaccin booster (de rappel), le vaccin ARNm 1273.351, qui ciblerait le variant B.1.351. (Moderna, 2021b; Wu et al., 2021)

Événements clés

  • 27 février 2020 : L’Agence américaine des médicaments (FDA) accorde une autorisation en urgence au vaccin de Johnson & Johnson. (Communiqué de la FDA, 2021)
  • 19 février 2021 : L’Agence de la santé publique du Canada (ASPC) publie une modélisation qui prévoit une résurgence importante de cas de COVID 19 si des mesures de santé publiques rigoureuses ne sont pas établies lorsque les programmes de vaccination prendront de l’expansion. (Agence de la santé publique du Canada, 2020)10 février 2021 : L’Afrique du Sud échange son candidat vaccin original, AstraZeneca, au profit de celui de Johnson & Johnson, vaccin qui n’a pas encore été approuvé par l’Agence américaine des médicaments et l’organisme de réglementation de l’Afrique du Sud. Le gouvernement sud-africain a l’intention d’administrer le vaccin Johnson & Johnson à ses travailleurs de la santé de première ligne la semaine prochaine. (Meldrum, 2021; Meyer, 2021)
  • 8 février 2021 : L’Ontario confirme la présence du premier cas au Canada du variant P.1 à Toronto, en Ontario. Le cas fait suite à un voyage effectué au Brésil. (Favaro et al., 2021)
  • 7 février 2021 : AstraZeneca développe la deuxième génération de vaccin qui est efficace contre le variant B.1.351. Il s’agit d’une réponse aux derniers essais cliniques réalisés en Afrique du Sud et au cours desquels des chercheurs ont jugé que le vaccin AstraZeneca était peu efficace contre le variant B.1.351. (Wits University, 2021)
  • 7 février 2021 : L’Afrique du Sud suspend son programme de vaccination avec des vaccins développés par AstraZeneca en raison de son efficacité limitée contre le variant B.1.351. (Mueller et al., 2021)
  • 27 janvier 2021 : Des chercheurs affirment que le variant P.1 est la souche dominante du SRAS-CoV-2 à Manaus, au Brésil. (France24, 2021; Medical Xpress, 2021)
  • 25 janvier 2021 : Moderna Inc. envisage d’étudier l’impact qu’aurait un booster, soit une dose de rappel supplémentaire, de son vaccin sur le niveau de titres d’anticorps neutralisants contre le variant B.1.351. De plus, la société travaille à la mise au point d’un vaccin booster (de rappel), le vaccin ARNm 1273.351, qui ciblerait le variant B.1.351. (Moderna, 2021b; Wu et al., 2021)
  • 8 janvier 2021 : L’Alberta confirme la présence du premier cas au Canada du variant B.1.351. (Heidenreich & Ramsay, 2021)
  • 26 décembre 2020 : L’Ontario confirme la présence des premiers cas au Canada du variant B.1.1.7 chez deux personnes de Toronto (Aziz, 2020; Jabakhanji, 2020; Rocca, 2020)
  • Décembre 2020 : Apparition du variant P.1 au Brésil.
  • Octobre 2020 : Apparition du variant B.1.351 en Afrique du Sud.
  • Septembre 2020 : Apparition du variant B.1.1.7 au Royaume-Uni.

Alors que le SRAS-CoV-2 continue d’évoluer, plusieurs variants sont actuellement sous investigation :

Variant sous investigation: B.1.525

Lieu d’origine : Nigéria

Manifestation initiale : Décembre 2020

Données récentes d’importance :

  • 11 mars 2021 : Le variant B.1.525 présente des mutations qui se retrouvent également dans d’autres variants du SRAS-CoV-2, dont les variants B.1.1.7, B.1.351 et P.1. (Santé publique d’Angleterre, 2021)
  • 20 février 2021 : Depuis son apparition au Nigéria, le variant a été détecté dans 26 pays. (Banchich et O’Toole, 2021)
  • 12 février 2021 : Le Canada confirme la présence d’un premier cas du variant B.1.525 en Colombie-Britannique. (Mangione, 2021)

Variant sous investigation : B.1.427/B.1.429,

Lieu d’origine : Sud de la Californie, É.-U.

Manifestation initiale : Juin 2020

Données récentes d’importance :

  • 9 mars 2021 : Une étude prépublication révèle une réduction des titres d’anticorps neutralisants contre le variant B.1.427/B.1.429 chez les personnes vaccinées et les patients convalescents. (Deng et al., 2021)

Variant sous investigation : B.1.526

Lieu d’origine: New York, É.-U.

Manifestation initiale : Novembre 2020

Données récentes d’importance :

  • 1er mars 2021 : Dans une étude prépublication, on a découvert que le variant B.1.526 portait des mutations semblables à celles des variants B.1.351 et P.1 (c. à d. E484K). Le variant B.1.526 présente une mutation unique, appelée D235G, qui est située dans la protéine de spicule. Cette mutation pourrait contribuer à réduire l’efficacité des anticorps neutralisants.

NextStrain

Cette phylogénie montre les relations évolutives des virus du SRAS-CoV-2 responsables de la pandémie de COVID 19. Bien que les relations évolutives des virus sélectionnés soient parfaitement claires, les estimations de certaines dates de transmission ainsi que la reconstitution de l’étendue géographique de l’épidémie demeurent très incertaines. Sachez que certains modèles de transmission géographique présumés et certaines estimations temporelles ne sont que des hypothèses.

GSAID

GSAID a obtenu des données sur le séquençage du virus de la COVID 19 auprès de plusieurs sources en Arabie saoudite (CDC, hôpitaux) et à l’échelle internationale. Les chercheurs traitent les isolats du génome pour d’abord obtenir une empreinte des mutations apparaissant chez les populations ciblées provenant d’endroits différents, et ensuite de comprendre les variants du virus de la COVID 19 et leur parcours d’infection.

Un autre outil de suivi des variants de la COVID-19 GSAID montre la fréquence relative du génome des variants par région.

https://www.cdc.gov/mmwr/volumes/70/wr/mm7003e2.htm?s_cid=mm7003e2_e

https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/more/science-and-research/scientific-brief-emerging-variants.html

https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/cases-updates/variant-surveillance/variant-info.html

https://cov-lineages.org/global_report.html

https://www.nytimes.com/interactive/2021/health/coronavirus-variant-tracker.html

https://covariants.org/